2016-04-09 55 views
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我想修復一個數據框與glb的glmm。的17個變量。所有變量都是標準化的,但不遵循正態分佈並且沒有缺失值。數據框的str()如下所示。在家庭=高斯(身份鏈接)glmer()中調用錯誤

  • 物種:係數W/19水平 「SPP1」, 「SPP2」,..:5 18 12 15 19 4 6 14 16 5 ...
  • 關聯:係數w/4水平 「assoA」 ,「assoB」,..:1 1 2 2 2 3 3 4 4 1 ...
  • site:因子w/2級別「site1」,「site2」:1 1 1 1 1 1 1 1 1 2。 ..
  • obs.no:INT 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  • trait1:NUM 0.652 0.428 0.535 0.389 0.486 ...
  • trait2:NUM 0.135 0.16 0.134 0.142 0.159
  • (限幅trait3至13)

我執行以下代碼來檢查部位爲給定的性狀的關聯類別之間的顯着性。

model1= glmer(trait1 ~ association+site+ (1 | species),data=df6,family=gaussian) 

並且收到下面給出的錯誤。

在glmer(trait1〜協會+網站+(1 |種),數據= DF6,: 調用glmer()與家人=高斯(身份鏈接)作爲一種快捷方式,以11聚物()不推薦使用;請致電11聚物()直接

此我想和高斯 - 厄米特積分來估計參數。任何建議來解決這個錯誤,代碼執行高斯 - 厄米特積分後,非常讚賞。

回答

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你居然貼回答。使用lmer,不是glmer:

model1 = lmer(trait1~association+site+(1|species), data=df6) 
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非常感謝你 – Gee

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但我想知道幫助嗎?lmer通過REML或最大可能性適合線性混合效應模型(LMM)數據。 ?glmer符合廣義線性混合效應模型(GLMM)。通過模型公式指定固定效應和隨機效應。這可以相同嗎? – Gee

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