R素食主義者RDA並非所有水平的約束條件都顯示在triplot

在我的RDA triplot中，我想顯示'網站'，'物種'及其約束，在我的情況下是Field和Trt。問題在於並非所有級別的約束條件都顯示在圖中。每個因素有兩個層次。R素食主義者RDA並非所有水平的約束條件都顯示在triplot

我的RDA代碼：

Dummy.rda <- rda(species.rda ~ Field + Trt,RDA.env, scale=TRUE) 

summary(Dummy.rda, scaling=3) #Here I see only one level of each reported in:Biplot scores for constraining variables. However all levels appear in: Centroids for factor constraints 

anova.cca(Dummy.rda, step=100, by='margin') # degrees of freedom are correct for both factors (df=1) 

plot(Dummy.rda, scaling = 3) #This displays all levels of Field and Trt but only one of each has an arrow 

plot(Dummy.rda, display = "species", xlim = xlims, ylim = ylims, 
     scaling = 3) 
text(Dummy.rda, scaling = 3, display = "bp") # I want to customize the RDA plot, but this 'text' only displays 1 level of each of Field and Trt.

來源

2012-12-27 Steve Crittenden

問題是關於文本函數？如果是這樣，你能顯示你想要繪製什麼或者數據的樣本來重現它嗎？ – agstudy

嘗試'''display ='cn''''在你上一次的文本調用中。這將繪製因子質心而不是箭頭。 – EDi

問題是爲什麼不顯示所有級別的約束。上面的代碼正確顯示「網站」和「物種」，我想使用文本（）來添加箭頭來表示環境約束。在我的例子中，Trt有2個級別，Field有2個級別，但是上面的腳本只在一個級別顯示在triplot上。 –

丟失的水平，因爲你想，如果他們持續的人來查看因子變量 - 嚴格，他們不應該被顯示爲雙標圖箭頭我猜。無論如何，就像使用虛擬變量進行迴歸一樣，係數的其中一個水平也不能包含在內，因爲它與模型矩陣中剩餘水平的虛擬變量線性相關。考慮下面這個例子：

require("vegan") 
data(dune) 
data(dune.env) 

mod <- rda(dune ~ Management, data = dune.env) 

> model.matrix(mod) 
    ManagementHF ManagementNM ManagementSF 
2    0   0   0 
13   0   0   1 
4    0   0   1 
16   0   0   1 
6    1   0   0 
1    0   0   1 
8    1   0   0 
5    1   0   0 
....<truncated>

你從model.matrix()輸出中看到什麼是走進了協調的變量。請注意，有在模型矩陣三個變量，但有四個級別在Management因子：

> with(dune.env, levels(Management)) 
[1] "BF" "HF" "NM" "SF"

R中的慣例是使用因子作爲參考電平的第一電平。在迴歸中，這將被包含在攔截中，但我們在RDA中沒有其中一個。請注意0輸出的第一行如何，所有值均爲0;這表明該行在BF管理組中。但是，只有三個變量進入模型本身，我們只能用三個雙箭頭來表示它們 - 這就是數學運作的方式。

我們可以做的是陰謀集團重心，這就是在summary()輸出你參考並可以提取出使用scores()：

> scores(mod, display = "cn") 
        RDA1  RDA2 
ManagementBF -1.2321245 1.9945903 
ManagementHF -1.1847246 0.7128810 
ManagementNM 2.1149031 0.4258579 
ManagementSF -0.5115703 -2.0172205 
attr(,"const") 
[1] 6.322924

因此到質心添加到現有的情節如下：

text(mod, scaling = 3, display = "cn")

無論您做什麼，都無法爲參考組添加雙指箭頭。

我希望能解釋你所看到的行爲？

來源

2013-05-10 16:10:17

R素食主義者RDA並非所有水平的約束條件都顯示在triplot

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