NMDS顯示和點符號問題（素食主義者）

我已經成功製作了NMDS圖（monoMDS，bray-curtis，3維，局部模型）。每個點代表一隻動物及其飲食組成。NMDS顯示和點符號問題（素食主義者）

我有兩個問題：

（1）如何更改點的符號對NMDS情節顯示1列（生命階段）中的2級（一個或j）？（2）我應該如何顯示3D NMDS，我不能讓3D orgl-函數在3D圖上工作。我是否應該在2D中繪製一些顯示不同尺寸的圖表？尋找周到的想法。

使用的代碼：

plot((BC.NMDS.length.corr), choices = c(1, 2), type = "points", 
      xlim = c(-2.0, 2.0),las = 1, ylim = c(-1, 1), 
      xlab = "NMDS Axis 1", ylab = "NMDS Axis 2",mgp = c(3.25, 1, 0), 
      cex.lab = 1.35, cex.axis = 1.25) 

    with(DATA, 
     points(BC.NMDS.length.corr, Class, draw = "points",col = "gray0", 
       show.groups = "Adult",label = TRUE, lty = 1, lwd = 2))

來源

2017-05-08 FISHnR

嗨，歡迎您！你能寫一個你正在使用的代碼的例子嗎？這將爲我們提供更多的信息，對我們來說更容易幫助您！ – R18

使用的要與包的默認實例什麼的例子：

 # Load library 
     library(vegan) 
    # Load data 
     data(dune) 
    # Compute the distance 
     dis <- vegdist(dune)

如果你想有一個3D繪圖，三者的表現指定尺寸

 # Run monoMDS 
     m <- monoMDS(dis, model = "loc", k=3) 

    # The 3D representation 
     plot(m) 
    # Load library for 3D representation 
     library(scatterplot3d)

座標位於m$points;每列指的是每個維度。

 # Graphical representation 
     scatterplot3d(x=m$points[,1], y=m$points[,2], z=m$points[,3])

此外，如果你要的顏色取決於因素的故事情節，你可以指定color=A，其中A就是團體編纂的數值。

來源

2017-05-08 13:23:22 R18

我有點困惑。我的數據是LifeStage（a或j）站點（p，w或m）Spec1 Spec2 Spec 3 Spec 4 – FISHnR

因此，您有興趣通過'site'爲您的個人着色。對於這個'scatterplot3d（x = m $ points [，1]，y = m $ points [，2]，z = m $ points [，3]，col = factor（site，labels = c（1,2,3 ））' – R18

你應該在排序圖中設置'asp = 1'（需要** scatterplot3d **版本0.3-40）。或者，您可以使用** vegan3d **包和'ordiplot3d（）'函數，該函數會自動處理很多事情，包括縱橫比和讀取排序結果對象。 –

NMDS顯示和點符號問題（素食主義者）

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