使用ggplot2在熱圖中繪製圖層

我有一個數據幀，第一列有幾個樣本，第二列有22個因子。頭（DF）的輸出示例：使用ggplot2在熱圖中繪製圖層

Sample Chromosome 
1 Sample2   chr10 
2 Sample2   chr9 
3 Sample3   chr10 
4 Sample3   chr20 
5 Sample3   chr10 
6 Sample1   chr1

既然是很多關於正常地塊數據I打算做每個樣品CHR10的分佈的熱圖。例如，樣品2在chr10上發生2000次。

我希望，ggplot可能會接受與它的水平作爲一個規模的chr因素，但事實並非如此。

這裏是我的嘗試：

ggplot(GenomereportTrim,aes(Sample,Chromosome))+ 
    geom_tile(aes(fill=Chromosome),color = "white")+ 
    scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")

大約有50個獨特的樣本具有超過22級的染色體因素的一些分佈。

任何幫助，將不勝感激。謝謝！

來源

2017-03-02 chrys

'ggplot（GenomereportTrim，AES（樣品，染色體））+ stat_density_2d（的geom = 「光柵」，AES（填充= ..density：這很容易通過使用2D像素合併統計實現..），輪廓= FALSE）？ – Axeman

不幸地返回一個錯誤：''stat_density2d（）'中的計算失敗'：帶寬必須嚴格爲正值' – chrys

我不完全清楚你想要什麼：你想要一個軸上的樣本和另一個染色體上的熱圖，以及與每個樣本中染色體的頻率相對應的顏色？ –

如果我正確理解了你，你想要一個樣本×染色體圖，填充顏色對應於每個染色體的樣本數。

ggplot(data) + 
    aes(Sample, Chromosome) + 
    geom_bin2d()

來源

2017-03-02 11:31:11

感謝您的幫助，它完美運作。有沒有辦法調整漸變比例？ – chrys

@chrys好的。調整什麼意義？您可以在文檔中查看'scale_fill_ {continuous，manual，brewer}'功能。有很多你可以做的定製，包括配色方案，限制，休息等。 –

我想給這個比例範圍更大的範圍。例如，500的計數與2000不能清楚地區分，因爲它在相同的色譜中。在一個情節中，我會說增加更多的蜱蟲。 – chrys

使用ggplot2在熱圖中繪製圖層

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