geom_point點手動縮放

Question

我得到了一些數據（名爲result.df），它看起來像下面這樣：

orgaName     abundance   pVal   score   
    A      3   9.998622e-01  1.795338e-04 
    B      2   9.999790e-01  1.823428e-05 
    C      1   2.225074e-308 3.076527e+02 
    D      1   3.510957e-01  4.545745e-01 

等等...

我現在所描繪的是：

p1 <- ggplot(result.df, aes(log2(abundance), (1-pVal), label=orgaName)) + 
    ylab("1 - P-Value")+ 
    xlab("log2(abundance)")+ 
    geom_point(aes(size=score))+ 
    ggtitle(colnames(case.count.matrix)[i])+ 
    geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05),hjust=.65, vjust=-1.2,size=2.5)+  
    geom_hline(aes(yintercept=.95), colour="blue", linetype="dashed")+ 
    theme_classic() 

一切工作正常，看起來相當好。然而，我想要的是通過縮放點尺寸

geom_point(aes(size=score))+ 

將按照固定值進行縮放。所以這個傳說應該以十進制對數進行縮放，但分數應該保持不變。這樣低分幾乎消失，大分數在不同「結果」之間的點數相差不大。

編輯

上@roman和@ vrajs5的意見經檢查，我能夠產生這樣一個陰謀。 使用下面的代碼：

ggplot(result.df, aes(log2(abundance), (1-pVal), label=orgaName)) + 
    ylab("1 - P-Value")+ 
    xlab("log2(abundance)")+ 
    geom_point(aes(size=score))+ 
    ggtitle(colnames(case.count.matrix)[i])+  
    #geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05 & log2(abundance) > xInt),hjust=.65, vjust=-1.2,size=2.5)+ 
    geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05),hjust=.65, vjust=-1.2,size=2.5)+ 
    geom_hline(aes(yintercept=.95), colour="blue", linetype="dashed")+ 
    #geom_vline(aes(xintercept=xInt), colour="blue", linetype="dashed")+ 
    #geom_text(data=subset(result.df, pVal > 0.05 & log2(abundance) > xInt),alpha=.5,hjust=.65, vjust=-1.2,size=2)+ 
    #geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05 & log2(abundance) < xInt),alpha=.5,hjust=.65, vjust=-1.2,size=2)+ 
    theme_classic() + 
    scale_size(range=c(2,12),expand=c(2,0),breaks=c(0,1,10,100,1000,1000000),labels=c(">=0",">=1",">=10",">=100",">=1000",">=1000000"),guide="legend") 

正如你所看到的，在休息了介紹和標註爲intendet。但圖例中的磅值不反映圖中的磅值。任何想法如何解決這個問題？

Answer 1

正如@Roman提到的，如果你使用scale_size你可以指定大小的限制..

以下是如何控制點

的大小的例子

result.df = read.table(text = 'orgaName     abundance   pVal   score   
A      3   9.998622e-01  1.795338e-04 
B      2   9.999790e-01  1.823428e-05 
C      1   2.225074e-308 3.076527e+02 
D      1   3.510957e-01  4.545745e-01 
E      3   2.510957e-01  2.545745e+00 
F      3   1.510957e-02  2.006527e+02 
G      2   5.510957e-01  3.545745e-02', header = T) 

library(ggplot2) 
ggplot(result.df, aes(log2(abundance), (1-pVal), label=orgaName)) + 
    ylab("1 - P-Value")+ 
    xlab("log2(abundance)")+ 
    geom_point(aes(size=score))+ 
    #ggtitle(colnames(case.count.matrix)[i])+ 
    geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05),hjust=.65, vjust=-1.2,size=2.5)+  
    geom_hline(aes(yintercept=.95), colour="blue", linetype="dashed")+ 
    theme_classic() + 
    scale_size(range = c(2,12)) 

輸出圖形是