Python：運行os.system以匹配文件

我想運行一個特定的命令，因爲我的子分區中有匹配的文件。每個文件都是這樣命名的：sub-01_T1w，sub-02_T1w ...。我試圖運行的命令如下所示：「bet -F -m」。Python：運行os.system以匹配文件

編輯我的問題：每次運行腳本時，都不會替換通配符。文件路徑是正確的，但os命令每次都是子[0-9] [0-9]而不是：sub-01，sub-02，...。

我第一次嘗試是這樣的：

import glob 
import os 

path = '/home/nico/Seminar/demo_fmri/' 
subdirs = glob.glob('%s/sub-[0-9][0-9]'%(path)) 

for dir in subdirs: 
    print dir 
    glob.glob(os.system("bet %s/anat/sub-[0-9][0-9]_T1w %s/anat/sub-[0-9][0-9]_T1w_brain -F -m"%(dir,dir)))

來源

2017-08-03 STD

所以...什麼是你的問題？ – yuhow5566

我在這裏找不到問題。你的嘗試是否奏效？如果不是，它是如何失敗的？它有什麼作用？有錯誤嗎？它是什麼？如果你願意，我還有更多的問題......但最好是完全重寫這個問題 –

你可能誤會了怎麼glob.glob作品。它根據作爲參數給出的模式計算文件路徑列表。

你不應該傳給glob.globos.system的結果，這可能不是你想要做的。

嘗試用這樣的解決你的問題：

import glob 
import os 
import subprocess 

path = '/home/nico/Seminar/demo_fmri/' 
subdirs = glob.glob(os.path.join(path, 'sub-[0-9][0-9]')) 

for dir in subdirs: 
    print dir 
    for file in glob.glob(os.path.join(dir, 'anat/sub-[0-9][0-9]_T1w')): 
     subprocess.call(['bet', file, file+'_brain', '-f', '-m'])

~~獎勵：%s在需要時支持os.path.join被拆除。另外，我在最後一行使用了str.format，因爲我發現它更清晰。這是一個風格問題，做你喜歡~~

編輯：取代subproces.callos.system，爲suggested by STD

來源

2017-08-03 06:35:19 Antwane

感謝您的幫助！ – STD

@STD最好避免使用'os.system'並使用'subprocess.call'來代替 - 這樣你就不必擔心外殼的轉義參數了......所以上面的代碼就是'subprocess.call （['bet'，file，file +'_ T1w_brain'，'-f'，'-m']）' –

@Jon Clements謝謝你，你的代碼工作正常！ – STD

Python：運行os.system以匹配文件

回答

相關問題