Mykrobe預測器JSON到TSV轉換器

我有一個基於Mykrobe-predictor腳本（json_to_tsv.py）轉換爲TSV文件的JSON文件（AMR預測執行後），這是我的JSON輸出（result_TB.json）。

./json_to_tsv.py /path/to/JSON_file

當我粘貼命令到終端，我得到一個IndexError在78號線

https://github.com/iqbal-lab/Mykrobe-predictor/blob/master/scripts/json_to_tsv.py#L78

def get_sample_name(f): 
    return f.split('/')[-2]

，這裏是錯誤，我得到：

mykrobe_version file plate_name sample drug phylo_group species lineage phylo_group_per_covg species_per_covg lineage_per_covg phylo_group_depth species_depth lineage_depth susceptibility variants (gene:alt_depth:wt_depth:conf) genes (prot_mut-ref_mut:percent_covg:depth) 
    Traceback (most recent call last): 
    File "./json_to_tsv.py", line 157, in <module> 
    sample_name = get_sample_name(f) 
    File "./json_to_tsv.py", line 78, in get_sample_name 
    return f.split('/')[-2] 
    IndexError: list index out of range

任何建議，將不勝感激。

來源

2016-10-04 Yi-Ting Liu

罐ÿ ou添加JSON輸出到問題？ –

當然，沒有問題。我已附加了我的JSON結果（result_TB.json）供您考慮。非常感謝。 –

謝謝！看看更新的答案。 –

看着我猜他們希望呼叫的轉換器的東西，如代碼：

python json_to_tsv.py plate/sample1/sample1.json

嘗試複製你的JSON文件名爲sample1一個名爲plate和目錄內的目錄中看到，如果你得到同樣的錯誤當你在上面的例子中調用它時。

更新

的問題確實，如上所述。

不起作用：

python json_to_tsv.py result_TB.json

mykrobe_version文件plate_name樣品藥物phylo_group物種世系phylo_group_per_covg species_per_covg lineage_per_covg phylo_group_depth species_depth lineage_depth易感性變種（基因：alt_depth：wt_depth：CONF）基因（prot_mut -ref_mut：percent_covg：深度）
Traceback (most recent call last): File "json_to_tsv.py", line 157, in <module> 
    sample_name = get_sample_name(f) File "json_to_tsv.py", line 78, in get_sample_name 
    return f.split('/')[-2] IndexError: list index out of range 

作品：

python json_to_tsv.py plate/sample/result_TB.json

mykrobe_version文件plate_name樣品藥物phylo_group物種譜系phylo_group_per_covg species_per_covg lineage_per_covg phylo_group_depth species_depth lineage_depth易感性變體（基因：alt_depth：wt_depth：CONF）基因（prot_mut-ref_mut：percent_covg：深度）

-1 result_TB板樣品NA

來源

2016-10-05 11:27:22

謝謝你的幫助。我在位置參數中使用了絕對路徑，並得到了相同的結果（1 result_TB yiting104 Mykrobe NA）。 './json_to_tsv.py /bip6_disk/yiting104/Mykrobe/result_TB.json> result_TB.tsv' –

Mykrobe預測器JSON到TSV轉換器

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