如何使用ImageJ從DM3文件批量提取元數據？

如何爲一批圖像提取元數據？我的第一個想法是錄製一個宏，然後修改它以在文件名列表上進行操作。如何使用ImageJ從DM3文件批量提取元數據？

本着這種精神，我嘗試錄製宏做這樣的事情：

按Ctrl-O# Open a file
12.dm3 輸入# Select file to open
CTRL-I# Open metadata in a new window
按Ctrl - s# Save file
12.txt的信息輸入# Name of file being saved
CTRL-W# Close current window
CTRL-W# Close current window

當我手算，這些步驟起作用。這導致下面的宏，這似乎是最缺少什麼，我試圖記錄：

open("/path/to/file/12.dm3"); 
run("Show Info..."); 
run("Close"); 
run("Close");

來源

2013-11-20 Christopher Bottoms

修改Jython script that is supposed to extract dimension metadata from an image：

from java.io import File 
from loci.formats import ImageReader 
from loci.formats import MetadataTools 

import glob 

# Create output file 
outFile = open('./pixel_sizes.txt','w') 

# Get list of DM3 files 
filenames = glob.glob('*.dm3') 

for filename in filenames: 

     # Open file 
     file = File('.', filename) 

     # parse file header 
     imageReader = ImageReader() 
     meta = MetadataTools.createOMEXMLMetadata() 
     imageReader.setMetadataStore(meta) 
     imageReader.setId(file.getAbsolutePath()) 

     # get pixel size 
     pSizeX = meta.getPixelsPhysicalSizeX(0) 

     # close the image reader 
     imageReader.close() 

     outFile.write(filename + "\t" + str(pSizeX) + "\n") 

# Close the output file 
outFile.close()

（Gist）。

來源

2013-11-20 22:18:30

另請參閱http://openmicroscopy.org/site/support/bio-formats4/users/imagej/瞭解如何在ImageJ宏中使用Bio-Formats的更多示例。 – ctrueden

您可以使用getImageInfo（）而不是run（「Show Info ...」）。這將在包含run（「Show Info ...」）輸出的宏中創建一個字符串，但可以隨意修改。有關更多信息，請參閱http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/macro/functions.html#getImageInfo。

來源

2015-11-04 21:23:35

在Jython中爲ImagePlus提供的getImageInfo（）方法'imp'從ij.plugin導入ImageInfo; StringWithImageInfo = ImageInfo（）。getImageInfo（imp）' –

如何使用ImageJ從DM3文件批量提取元數據？

回答

相關問題