如何在r中繪製LDA的雙標圖？

我使用MASS包中的函數lda()進行了線性判別分析。現在我會嘗試繪製一個雙線圖，就像在ade4包（forLDA）中一樣。你知道我該怎麼做？如何在r中繪製LDA的雙標圖？

如果我嘗試使用biplot()函數，它不起作用。例如，如果我使用虹膜數據，並LDA：

dis2 <- lda(as.matrix(iris[, 1:4]), iris$Species)

那麼我就可以使用功能plot()繪製它，但如果我使用的功能biplot()這是行不通的：

biplot(dis2) 
Error in nrow(y) : argument "y" is missing, with no default

我如何繪製變量的箭頭？

來源

2013-06-21 alexmulo

當然，它沒有工作。 LDA不是你打算用雙標圖繪製的東西。你爲什麼認爲你可以這樣做？ @PaulHiemstra給出的代碼是可重現的;只需加載包含'lda'和'biplot'函數的'MASS'包。 –

他們是怎麼做到的？ http://en.wikipedia.org/wiki/File:IrisDAbiplot.jpg – alexmulo

@洪Ooi https://www.researchgate.net/publication/24056082_Extensions_of_Biplot_Methodology_to_Discriminant_Analysis –

我寫了下面的函數來做到這一點：

lda.arrows <- function(x, myscale = 1, tex = 0.75, choices = c(1,2), ...){ 
    ## adds `biplot` arrows to an lda using the discriminant function values 
    heads <- coef(x) 
    arrows(x0 = 0, y0 = 0, 
     x1 = myscale * heads[,choices[1]], 
     y1 = myscale * heads[,choices[2]], ...) 
    text(myscale * heads[,choices], labels = row.names(heads), 
    cex = tex) 
}

對於示例：

dis2 <- lda(as.matrix(iris[, 1:4]), iris$Species) 
plot(dis2, asp = 1) 
lda.arrows(dis2, col = 2, myscale = 2)

箭頭的長度是相對隨意的LDA陰謀（但不給對方，當然！）。如果您想要更長或更短的箭頭，請相應地更改myscale的值。默認情況下，它會繪製第一個和第二個軸的箭頭。如果要繪製其他座標軸，請更改choices以反映此情況。

來源

2013-06-21 17:01:18 Tyler

非常感謝你，我會試試看，這非常有幫助。 – alexmulo

@alexmulo：如果您發現有幫助的答案，通常會給它一個upvote。您也可以通過點擊「接受答案」複選標記來指出哪個答案最能解決您的問題。 – Tyler

我的理解是，線性判別分析的二維圖可以做到的，它實際上是在實施也R中包ggbiplot，見https://github.com/vqv/ggbiplot/tree/experimental和封裝ggord，看到https://github.com/fawda123/ggord，爲您的示例：

install.packages("devtools") 
library(devtools) 
install_github("fawda123/ggord") 
library(ggord) 
ord <- lda(Species ~ ., iris, prior = rep(1, 3)/3) 
ggord(ord, iris$Species)

M. Greenacre的書「實踐中的Biplots」在其上有一章（第11章），在圖11.5中它顯示了虹膜數據集的線性判別分析的雙標圖：

來源

2015-08-06 16:35:48

如何在r中繪製LDA的雙標圖？

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