爲什麼Hardy-Weinberg測試在GenABEL和Plink中有所不同？

Question

當我使用這個命令的Plink：

Plink --file filename --hardy 

將創建一個與每個標記不同的p值的新文件filename.hwe，而相形之下，在GenABEL：

library(GenABEL) 
... 
snpSummary<-summary(gtdata(filename)) 
hwe_test<-snpSummary$Pexact 

爲什麼我收到其他p值爲相同的標記？

Answer 1

有不同的HWE測試。例如，卡方合體吻合度與Fisher精確測試vs雜合體過量/缺陷。

我不確定，但您應該檢查每個軟件的手冊，以確認他們首先使用相同的測試。