將numpy數組列表合併爲一個數組（快速）

Question

如果知道列表長度和數組大小，將numpy數組列表合併爲一個數組的最快方法是什麼對全部？

我嘗試了兩種方法：

• merged_array = array(list_of_arrays)從Pythonic way to create a numpy array from a list of numpy arrays和

• vstack

一個你可以看到vstack速度較快，但由於某種原因，第一次運行需要三個次數比第二次長。我認爲這是由（缺少）preallocation造成的。那麼我如何爲vstack預分配一個數組？或者你知道更快的方法嗎？

謝謝！

[更新]

我想(25280, 320)不(80, 320, 320)這意味着，merged_array = array(list_of_arrays)我不會工作。感謝Joris指出了這一點！

輸出：

0.547468900681 s merged_array = array(first_list_of_arrays) 
0.547191858292 s merged_array = array(second_list_of_arrays) 
0.656183958054 s vstack first 
0.236850976944 s vstack second 

代碼：

import numpy 
import time 
width = 320 
height = 320 
n_matrices=80 

secondmatrices = list() 
for i in range(n_matrices): 
    temp = numpy.random.rand(height, width).astype(numpy.float32) 
    secondmatrices.append(numpy.round(temp*9)) 

firstmatrices = list() 
for i in range(n_matrices): 
    temp = numpy.random.rand(height, width).astype(numpy.float32) 
    firstmatrices.append(numpy.round(temp*9)) 


t1 = time.time() 
first1=numpy.array(firstmatrices) 
print time.time() - t1, "s merged_array = array(first_list_of_arrays)" 

t1 = time.time() 
second1=numpy.array(secondmatrices) 
print time.time() - t1, "s merged_array = array(second_list_of_arrays)" 

t1 = time.time() 
first2 = firstmatrices.pop() 
for i in range(len(firstmatrices)): 
    first2 = numpy.vstack((firstmatrices.pop(),first2)) 
print time.time() - t1, "s vstack first" 

t1 = time.time() 
second2 = secondmatrices.pop() 
for i in range(len(secondmatrices)): 
    second2 = numpy.vstack((secondmatrices.pop(),second2)) 

print time.time() - t1, "s vstack second" 

Answer 1

你有80個320×320陣列？所以，你可能想使用dstack：

first3 = numpy.dstack(firstmatrices) 

這將返回一個80x320x320陣列就像numpy.array(firstmatrices)作用：

timeit numpy.dstack(firstmatrices) 
10 loops, best of 3: 47.1 ms per loop 


timeit numpy.array(firstmatrices) 
1 loops, best of 3: 750 ms per loop 

如果你想使用vstack，它會返回一個25600x320陣列：

timeit numpy.vstack(firstmatrices) 
100 loops, best of 3: 18.2 ms per loop