設置多個輸入文件的多個目標文件 - sortBam

Question

作爲前言，我很新的使用R.

我處理的包Rsamtools，我試圖咣文件進行排序。我使用的sortBam（）命令，該命令需要以下信息：

sortBam(file, destination, ...). 

我有含有5個bamfiles一個R-對象：

bamfiles <- list.files(fileDir, pattern = "\\.bam", full.names = TRUE) 

其中包含文件路徑FILEDIR =對象。

我不知道該怎麼做是設置目標文件，以便5個未排序的bam文件中的每一個都有自己的輸出文件。例如。 file1.bam - > file1.sorted.bam ... file5.bam - > file5.sorted.bam。我一直在四處搜尋，並沒有發現（或意識到）答案，所以任何幫助，將不勝感激。

謝謝你的幫助

Answer 1

假設你在三個不同的目錄中有3個bam文件。

bams <- list.files(".", patter="*.bam", full=T, recur=T) 
bams 
# [1] "./d1/100.bam" "./d2/11.bam" "./d3/28.bam" 

由於sortBam只能那種一對一的時候咣的文件，你可以使用for遍歷三個咣文件。

首先，設置適當的目的地。

des <- gsub("bam", "sorted", bams) 
des 
# [1] "./d1/100.sorted" "./d2/11.sorted" "./d3/28.sorted" 

的分類部分：

for (i in 1:length(bams)) { 
    sortBam(bams[i], des[i]) 
} 

在磁盤上的結果文件。

ll -htr * 
d1: 
total 72K 
-rw-rw-r-- 1 35K Apr 8 2016 100.bam 
-rw-rw-r-- 1 35K Apr 8 2016 100.sorted.bam 

d2: 
total 64K 
-rw-rw-r-- 1 30K Apr 8 2016 11.bam 
-rw-rw-r-- 1 31K Apr 8 2016 11.sorted.bam 

d3: 
total 80K 
-rw-rw-r-- 1 40K Apr 8 2016 28.bam 
-rw-rw-r-- 1 40K Apr 8 2016 28.sorted.bam