如何提取perl中的特定列？

chr1 1 10 el1 
chr1 13 20 el2 
chr1 50 55 el3

我有這個製表符分隔的文件，我想用perl提取第二和第三列。我怎樣才能做到這一點？如何提取perl中的特定列？

我嘗試使用文件處理程序讀取文件並將其存儲在一個字符串，然後將字符串轉換爲數組，但卻沒有得到我到任何地方。

我的嘗試是：

while (defined($line=<FILE_HANDLE>)) { 
    my @tf1; 
    @tf1 = split(/\t/ , $line); 
}

來源

2017-07-12 momo12321

是，當你在你的腳本編寫它的代碼？它在'while'代碼塊周圍缺少大括號，如果您將「嚴格使用」，則會產生錯誤;在腳本的頂部 –

我的整個代碼超過100行，它包含使用嚴格和使用警告。這僅僅是一個摘錄 – momo12321

的是代碼（與加括號）應該做你想要的東西 - 所以這個問題是最有可能在其他地方。一個[mcve]會告訴我們問題的實際位置 –

use strict; 

my $input=shift or die "must provide <input_file> as an argument\n"; 

open(my $in,"<",$input) or die "Cannot open $input for reading: $!"; 

while(<$in>) 
{ 
    my @tf1=split(/\t/,$_); 
    print "$tf1[1]|$tf1[2]\n"; # $tf1[1] is the second column and $tf1[2] is the third column 
} 
close($in)

來源

2017-07-12 10:00:59

簡單的自動分割選項卡上的

#          ↓ index starts on 0 
$ perl -F'\t' -lane'print join ",", @F[1,2]' inputfile

輸出：

1,10 
13,20 
50,55

見perlrun。

來源

2017-07-12 10:52:28 daxim

什麼問題，你有？你的代碼已經完成了所有困難的部分。

while (defined($line=<FILE_HANDLE>)) { 
    my @tf1; 
    @tf1 = split(/\t/ , $line); 
}

您的@tf1陣列中的所有三列（順便說一句 - 你的變量命名需要認真的工作！）所有你現在需要做的是打印從數組的第二和第三個元素（但請記住， Perl數組元素從零開始編號）。

print "$tf1[1]/$tf1[2]\n";

利用Perl的默認行爲，可以大大簡化您的代碼。

while (<FILE_HANDLE>) {   # Store record in $_ 
    my @tf1 = split(/\t/);  # Declare and initialise on one line 
           # split() works on $_ by default 
    print "$tf1[1]/$tf1[2]\n"; 
}

來源

2017-07-12 12:26:03

更簡練地比@daxim作爲一個班輪：

perl -aE 'say "@F[1,2]" ' file

參見：How to sort an array or table by column in perl?

來源

2017-07-12 14:13:31

如何提取perl中的特定列？

回答

相關問題