是否可以在命令行中運行Rmarkdown時提供參數？

Question

我想根據模板創建不同的報告集。

1. 是否可以從命令行運行此報告而不是通過RStudio（knit PDF）運行它？

2. 我有一個稱爲應用程序的矢量，我爲每個應用程序運行此報告並輸出值。從命令行運行此報表時，是否可以通過命令行選項提供應用程序？我不需要在Rmarkdown中添加應用，而需要知道我是否可以提供這個參數作爲參數？

3. 每次我運行這個，pdf文件名都是一樣的。我怎樣才能改變這個，使pdf文件名與應用程序的值相同？

   ---

   title: "Application Report" 
   
   date: "July 13th, 2017" 
   header-includes: 
       - \usepackage{longtable} 
       - \usepackage[table]{xcolor} 
       - \usepackage{colortbl} 
       - \usepackage[utf8]{inputenc} 
   output: 
       pdf_document: 
       fig_caption: yes 
       fig_height: 6 
       fig_width: 7 
       highlight: zenburn 
       number_sections: yes 
       toc: yes 
       toc_depth: 3 
   keep_tex: yes 
   tables: yes 
   fontsize: 15 
   --- 
   
   ```{r message=FALSE, results = 'asis', echo=FALSE, warning=FALSE, fig.width=12, fig.height=10} 
   
   app<-c("Web","DB) 
   
   
   for (i in app){ 
   
       cat(paste("# ",app, " - Application","\n")) 
   } 
   

Answer 1

簡短的回答：

1. 是
2. 是
3. 是

例子：我會用兩個文件和命令行ê xample。使用makefile或擴展knit-application-report.R腳本將簡化您的工作流程。

第一個文件：application-report.Rmd我已經從您的示例文件中簡化了這篇文章。重要的一點是變量app已被定義。該變量將用於報告標題中，並可用於報告中的其他地方。

--- 
title: "`r app` Report" 
date: "`r date()`" 
output: pdf_document 
--- 

This is the report for the `r app` application. 

```{r} 
# do stuff 
``` 

文件2：knit-application-report.R呼叫到commandArgs，與trailingOnly = TRUE通命令行參數轉換爲R腳本。應用程序的名稱作爲第一個也是唯一的參數傳入。該值存儲在app變量中，該變量將在調用rmarkdown::render時用於評估.Rmd文件。

# file: knit-application-report.R 
# 
# Commandline Arguments: 
# 1. appliction a character string for the app 

app <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) 

rmarkdown::render(input = "application-report.Rmd", 
        output_file = paste0(app, ".pdf")) 

命令行看起來像這樣（從我的linux命令行）。

me@mycomputer:~$ Rscript knit-application-report.R MyApplication 


processing file: application-report.Rmd 
    |................................         | 50% 
    inline R code fragments 

    |.................................................................| 100% 
label: unnamed-chunk-1 

output file: application-report.knit.md 

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS application-report.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output MyApplication.pdf --template /home/pdewitt/R-dev/R-3.4.1/library/rmarkdown/rmd/latex/default-1.17.0.2.tex --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable graphics=yes --variable 'geometry:margin=1in' 

Output created: MyApplication.pdf 

注意，輸出爲命名的報告MyApplication.pdf看起來像這樣：