Affymetrix自定義CDF分段錯誤

我使用以下CDF文件爲Brachypodium dystachion的Affymetrix芯片。顯然，它遵循的Affymetrix CDF specification Affymetrix自定義CDF分段錯誤

http://giorgilab.org/BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf

所有的規則然而，當我嘗試創建一個customcdf環境出來，用R和Bioconductor的包makecdfenv

library(makecdfenv) make.cdf.package("BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf",species="Brachypodium_dystachion")

我得到以下錯誤：

Reading CDF file.

* caught segfault * address 0x1, cause 'memory not mapped'

Traceback: 1: .Call("readCDFfile", as.character(file), as.integer(3), as.integer(compress), PACKAGE = "makecdfenv") 2: read.cdffile(file.path(path.expand(cdf.path), filename), compress = compress) 3: make.cdf.env(filename, cdf.path = cdf.path, compress = compress, return.env.only = FALSE) 4: make.cdf.package("BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf", species = "Brachypodium_dystachion")

有沒有什麼strik es在輸入CDF文件中輸入錯誤？我完全感到困惑，因爲我不知道如何解釋這種分段錯誤，也不知道如何追蹤它到一個特定的問題。在使用Biostrader軟件包時，會發生類似的情況，所以它必須是CDF字段（而不是軟件包）的問題。

非常感謝！ :-)

費德里科

來源

2012-08-27 Federico Giorgi

函數make.cdf.package（）確實是而不是需要一個二進制cdf，所以沒有理由進行測試。

昨天我看了一下，這個cdf沒有什麼明顯的錯誤，所以很簡單，轉換到二進制文件修復的東西。

來源

2012-08-28 18:52:13

功能make.cdf.package()只對二進制CDF工作。您需要將您的cdf轉換爲affxparser::convertCdf()，然後才能創建該包。

來源

2012-08-27 16:45:04 Alan

有趣的是，這會導致段錯誤。儘管它是「操作員錯誤」，但可能值得聯繫軟件包維護人員，讓他們添加一個測試來檢查這一點，並更優雅地停下來發出一條有意義的錯誤消息...... –

它像一個魅力一樣工作！然而，正如詹姆斯所說，make.cdf.package（）不需要二進制cdf，所以這個bug的本質仍令我困惑。我剛剛在customcdf郵件列表上通知了作者。現在，非常感謝！ –

Affymetrix自定義CDF分段錯誤

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