取（）掛在RSQLite大型查詢

我使用RSQLITE R中建立數據庫，並做「加入」操作，並使用提取的行：取（）掛在RSQLite大型查詢

res<-dbSendQuery(con," SELECT DISTINCT all_transcript.transcript1 from temp LFET OUTER JOIN....")

總共有16 JOIN操作。我驗證上述命令工作正常，因爲讀取（res）返回500（默認）行數。此外，它只適用於有限的行數。但是當我提供提取（res，n = -1）來提取所有行數時，它會掛起。任何想法？我剛剛給了fetch（res，n = 4000），它沒有響應。

sessionInfo將R的：

sessionInfo(): 
R version 2.14.1 (2011-12-22) 
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C 
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8 
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 
[7] LC_PAPER=C     LC_NAME=C 
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C 
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base 

other attached packages: 
[1] RSQLite_0.11.1 DBI_0.2-5

來源

2012-09-11 user1631306

可以從命令行訪問sqlite數據庫（在linux上）;你的查詢在那裏工作嗎？不妨提供'sessionInfo（）'的輸出，你機器上的可用內存，以及你期望返回的對象的大小...... –

它並沒有讓我想從命令行運行它。我正在運行它，我期待它需要一些時間（我會更新它）。儘管我已經在問題中編輯了sessionInfo。我在集羣上運行它，它具有超過500G的內存，並且我預計對象的大小至少爲40G。 – user1631306

我在命令行（在Linux上）運行它，似乎它根本沒有工作。由於我沒有看到任何內存使用情況，所以沒有迴應。 – user1631306