增加igraph節點之間的距離

我有一張使用igraph製作的圖。我想分散節點。到目前爲止，我發現的唯一方法是縮放佈局並強制繪圖命令不重新縮放。增加igraph節點之間的距離

png("kmeansColouredNetwork.png", width=1200,height = 1000) 
col=c("yellow", "saddlebrown", "brown1","chartreuse2", "chocolate1","darkorange" ,"deepskyblue1", "hotpink1","plum2") 
for(i in 1:9){ 
    V(graph)$cluster[which(V(graph)$name %in% kmeans[,i])]<-col[i] 
} 
V(graph)$color=V(graph)$cluster 
coords <- layout.fruchterman.reingold(graph)*0.5 
plot(graph, layout = coords, vertex.label=NA, rescale=FALSE, vertex.size=degree(graph)*.25,vertex.color=V(graph)$cluster) 
labels = paste("cluster:", 1:length(colours)) 
legend("left",legend=labels, col=col, pch=16, title="K means clustered subgroups") 
dev.off()

如果我不重新調整，中央高度連接的節點聚集在一起，我得到這樣的圖，其中圖中的主體圖案是不可能辨別：

在另一方面，如果我告訴繪圖命令不要重新縮放，那麼我得到這個：

其中模式是可辨別的，但圖的一半是關閉的。這不是一個繪圖大小的問題，就像我增加png的尺寸一樣，它仍然將圖形居中在圖的邊緣。

這不是佈局的問題 - 我試過fruchterman.reingold，layout_nicely，reingold.tilford，layout.circle，佈局隨機，同樣的事情發生。

顯然曾經是一個變量來設置節點之間的斥力因子，但似乎已被棄用。

如何將圖的節點展開或重新縮放並重新繪製圖？

來源

2015-09-30 Ben

我有類似的問題與igraph。我通過將所有頂點，邊和箭頭按比例縮小來解決它，將圖保存爲pdf，並放大對我感興趣的區域。你也可以在節點上使用半透明的顏色（例如'vertex.color =「＃0000FF25」'），這有助於看透重疊圖。我希望有一個更清潔的解決方案！ –

[igraph axes xlim ylim plot incorrectly]可能重複（http://stackoverflow.com/questions/11272349/igraph-axes-xlim-ylim-plot-incorrectly） – Phiter

，這不是我的答案，只是發現了計算器：
igraph axes xlim ylim plot incorrectly

基本上，你可以設置ylim和XLIM和ASP。您可以設置要顯示的圖形的哪一部分（與xlim和ylim一樣）以及兩個軸是否相互依賴。

plot(g, rescale = FALSE, ylim=c(1,4),xlim=c(-17,24), asp = 0)

來源

2016-05-25 16:46:41

然後，您可以將其標記爲重複項。 – Phiter

選項1：使頂點小

node.size= c(10,10,10) 
plot(net, vertex.size=node.size*0.25)

選項2（如果頂點之間的距離對你並不重要）：

# Use the tkplot option to edit your graph in GUI 
tkplot (net)

注：tkplot輸出作爲eps的圖表。如果您想進一步編輯它或將其導出爲pdf，我建議使用inkscape（我將它用於我所有的圖形編輯 - 只需在RStudio中將圖形保存爲pdf並在inkscape中進行編輯）。對於eps的情況下，如果你在一臺Windows機器上，你將需要調整inkscape來打開這種格式。一個非常簡短的過程，這是詳細的here:

來源

2016-11-29 15:06:39 user2387584

增加igraph節點之間的距離

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