如何在大數據集中使用R中的princomp（）或prcomp（）函數，而不會傳輸數據？

Question

我剛開始瞭解PCA，我希望將它用於超過4,00,000行的巨大微陣列數據集。我有我的樣品列和基因/基因座形式的列。我在使用PCA時遇到了一些教程，並遇到了princomp（）和prcomp（）以及其他一些教程。

現在，正如我在這裏所瞭解的那樣，爲了在雙標圖中繪製樣本，我需要將它們放在行中，並將基因/位點放在列中，因此我將不得不轉換我的數據在用於PCA之前。

但是，由於行數超過4,00,000，我不能將它們轉換爲列，因爲列是有限的。所以我的問題是，是否有任何方法可以對我的數據執行PCA，而無需轉換它，使用這些R函數？如果不是的話，你們中的任何人都可以建議我採取其他方式或方法嗎？

Answer 1

你爲什麼討厭轉置你的數據？這很容易！

如果你讀了您的數據轉換成R（例如，作爲基體microarray.data），你可以只用一個命令轉他們：

transposed.microarray.data<-t(microarray.data)