如何繼續將以下R代碼轉換爲Python？

Question

我有A R這樣的代碼：

compute_enrichment <- function(dz_vec) { 
     dz_vec <- dz_vec[!is.na(dz_vec)] 
     n_module_genes <- length(intersect(module_genes,names(dz_vec))) 
     module_genes_pct <- n_module_genes/length(module_genes) 
     result <- list(escore=NA,norm_escore=NA,pvalue=NA,pct_module_genes=module_genes_pct) 
     if (module_genes_pct >= MIN_PCT_MODULE_GENES) { 
      result$escore <- abs(sum(dz_vec[module_genes],na.rm=T)) 
      rand_escores <- sapply(1:N_PERMUTATIONS, function(i) { 
       abs(sum(sample(dz_vec,n_module_genes),na.rm=T)) 
      }) 
      result$norm_escore <- (result$escore - mean(rand_escores))/sd(rand_escores) 
      result$pvalue <- length(which(rand_escores > result$escore))/length(rand_escores) 
     } 
     result 
    } 

我想這個代碼轉換爲Python的。是否有某種腳本可用於此？小小的頭腦開始將是偉大的。由於

Answer 1

一般翻譯問題會很困難（而且我不知道任何自動翻譯機制），並且其他人提出的使用rpy的建議是非常好的。

但是，如果您確實需要將此特定代碼轉換爲Python，則該代碼的作業會更容易，因爲它不包含許多矢量化操作。使用一個模式是：

1. 類似的代碼dz_vec <- dz_vec[!is.na(dz_vec)]成爲一個列表理解（雖然你得有什麼用的NA，這並不在Python存在，因而辦法公約測試這種情況）。
2. length()變成len()。
3. sapply成爲列表理解。
4. 像mean和sd這樣的函數可以在numpy中找到（或者很容易寫出自己）。

Answer 2

你並不需要將其轉換，您可以使用rpy

Answer 3

我回答這個問題，蟒蛇把它永遠是：scriptify它，然後調用使用subprocess蟒蛇腳本。我喜歡這種方法（而不是安裝RPy），因爲RPy不適用於所有版本的R（這意味着如果你沒有幸運地使用正確的版本來重新創建你的安裝），你就不必安裝任何如果你的R腳本已經運行。