Python - 如何識別FASTA文件中的EOL

我有一個python腳本需要逐字讀取FASTA文件。爲此，我一直在使用c = f.read(1)，其中f是打開的文件。我需要它來識別它何時到達行尾，但'\ n'和'\ r'似乎不起作用。我以前從來沒有使用過這種文件類型，所以我不確定FASTA是不同的。有誰知道如何做到這一點？謝謝！Python - 如何識別FASTA文件中的EOL

編輯：EOF！= EOL。我知道如何找到文件的結尾。

編輯2：我使用搜索的EOL字符的行是這樣的：

if c == '\n' or c == '\r': 
    #operations to perform if found...

來源

2013-12-03 thnkwthprtls

只是想知道爲什麼你這樣做......你知道無數的FASTA解析器併爲此支持圖書館，對吧？ –

是的，但我被告知設計一種方法來做到這一點，沒有任何特殊的解析器，自己設計它 – thnkwthprtls

你打開它在文本或二進制模式？ – user2357112

公開賽在universal newline模式下的文件：

with open('myfile.fasta', 'rU') as fp: 
    ...

和反對'\n'比較字符：

if c == '\n':

來源

2013-12-03 21:22:59

我從來沒有聽說過，但它似乎工作。謝謝！:) – thnkwthprtls

Python - 如何識別FASTA文件中的EOL

回答

相關問題