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有兩種選擇 - 要麼以「從零開始」設置複製每個連續的數據集分成和每一個結果出來的輸入/輸出數組的創建原來的計劃,或者,用「大師」界面執行計劃(通常包含爲其創建的數組的地址)與一組不同的數組。 fftw手冊中有一節介紹了這種情況,以及必須遵循的對齊,尺寸等附加限制才能使其工作。作爲另一種可能性,如果所有的小陣列都是例如矩陣/圖像的行或類似的東西,可以用可預測的步幅分隔,可以使用「高級」界面一次執行它們。
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