R破壞了「dyld：Library not loaded：@ rpath/libpcre.1.dylib」

我試圖按照Brew doctor: dyld: Library not loaded & Error: No available formula for zlib，但它沒有幫助。我有我的R今天早些時候工作，但我通過conda（我R如何最初安裝的），我現在得到以下錯誤安裝r-essentials：R破壞了「dyld：Library not loaded：@ rpath/libpcre.1.dylib」

$ which R 
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R 

$ /Users/jespinoz/anaconda/bin/R 
dyld: Library not loaded: @rpath/libpcre.1.dylib 
    Referenced from: /Users/jespinoz/anaconda/lib/R/lib/libR.dylib 
    Reason: image not found 
Trace/BPT trap: 5

來源

2016-07-19 O.rka

我最終刪除我的整個蟒蛇目錄，並重新安裝:(

事後，我意識到我需要做一個shell腳本只是櫃面什麼奇怪的事情，我需要重新安裝一切。每次我安裝新的模塊，我認爲將是有用的，我只是把它添加到這裏。

這裏是我所有的Python和R包：

# Python 
conda install xarray --yes 
conda install holoviews --yes 
conda install seaborn --yes 
conda install scikit-learn --yes 
conda install scikit-image --yes 
conda install -c https://conda.anaconda.org/biocore scikit-bio --yes 
conda install dill --yes 
conda install pandas --yes 
conda install numpy --yes 
conda install networkx --yes 
conda install scipy --yes 
pip install fastcluster 
conda install -c jjhelmus tensorflow=0.8.0rc0 --yes 
conda install bokeh --yes 
conda install BioPython --yes 
conda install tqdm --yes 
pip install git+https://github.com/pymc-devs/pymc3 
conda install dask --yes 
conda install numba --yes 
pip install nbopen 
pip install nbextensions 
pip install https://github.com/ipython-contrib/IPython-notebook-extensions/tarball/master 
conda install html5lib --yes 
pip install selenium 
conda install phantoms --yes 
pip install pubchempy —yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/rdkit rdkit --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioservices --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/ales-erjavec orange-bioinformatics 
pip install plotly 
pip install ete3 

# R 
conda install -c r r --yes 
conda install -c r r-essentials --yes 
conda install -c r r-rserve --yes 
conda install -c r r-devtools --yes 
conda install -c r r-rcurl --yes 
conda install -c r r-RJSONIO --yes 
conda install -c r r-jpeg --yes 
conda install -c r r-png --yes 
conda install -c r r-roxygen2 --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger --yes

來源

2016-07-20 23:17:29

same here !!!!!!!! –

發生在我的工作電腦和我的個人電腦上。兩種解決方案都是相同我明白了。我製作了一個shell腳本，其中包含我需要的所有模塊，因此我可以運行它並下載所有這些模塊。基本上就像'conda install xarray -yes' next line'pip install fastcluster'等。 –

我從這個stackoverflow問題的註釋（http：// stackoverflow。com）解決了這個問題。「conda install -cr r-irkernel zeromq」 com/questions/38387027 /無法加載irkernel-in-jupyter-notebook） –

文件libpcre.1.dylib不是@rpath

我發現libpcre.1.dylib從的/ opt/local/lib目錄/ 並取得符號鏈接，暢達放的r庫，在我的情況

~/anaconda/lib/R/lib

如果你也有類似的情況下，這些命令2和f新修改應該可以幫到你

cd /Users/you_username/anaconda/lib/R/lib 

ln -s /opt/local/lib/libpcre.1.dylib libpcre.1.dylib

然後問題就解決了。

我的主題是，當你已經在你的計算機中安裝了R時，以後再將r-essentials添加到anaconda insatll中，請不要將libpcre.1.dylib添加到安裝中，因爲它已經存在。但是當完成時沒有更新@rpath。

來源

2016-08-15 17:12:21 tonu

感謝您的幫助。我不能再嘗試它，因爲它已經在工作，但這對其他人肯定會有用。 –

'ln -s /opt/local/lib/libpcre.1.dylib libpcre.1.dylib'破壞了這個。我該如何解決這個問題？ –

它打破了我的整個R :( –

R破壞了「dyld：Library not loaded：@ rpath/libpcre.1.dylib」

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