讀格式的數據（GMSH網格格式）

我保持a little Python package是用於網格表示點菜讀格式的數據（GMSH網格格式）

這些文件可以增長相當大的不同格式之間進行轉換，所以讀取時他們與Python一起高效地執行它很重要。

最常用的格式之一是msh從Gmsh。不幸的是，它的數據佈局可能不是最好的。一個例子的文件：

$MeshFormat 
2.2 0 8 
$EndMeshFormat 
$Nodes 
8 
1 -0.5 -0.5 -0.5 
2 0.5 -0.5 -0.5 
3 -0.5 0.5 -0.5 
4 0.5 0.5 -0.5 
5 -0.5 -0.5 0.5 
6 0.5 -0.5 0.5 
7 -0.5 0.5 0.5 
8 0.5 0.5 0.5 
$EndNodes 
$Elements 
2 
1 4 2 1 11 1 2 3 5 
2 4 2 1 11 2 5 6 8 
$EndElements

對於$Nodes：

第一個數字（8）是節點遵循的數目。

在每個節點線，所述第一數量是索引（實際上不是由格式的靜止部分需要，啊），然後按照三個空間座標。

到目前爲止，在for循環中我還沒有拿出比islice更好的東西，這個循環非常慢。

# The first line is the number of nodes 
line = next(islice(f, 1)) 
num_nodes = int(line) 
# 
points = numpy.empty((num_nodes, 3)) 
for k, line in enumerate(islice(f, num_nodes)): 
    points[k, :] = numpy.array(line.split(), dtype=float)[1:] 
    line = next(islice(f, 1)) 
assert line.strip() == '$EndNodes'

對於$Elements：

第一個數字（2）是元素遵循的數量。

在各元件列中，第一個數字是索引，然後遵循爲元素類型（4爲四面體）的枚舉。然後，針對該元素（在此分別爲2，即1和11）的個數的整數標記。對應於元素類型，此行中的最後幾個條目對應於$Node索引，其形成元素 - 在四面體的情況下，最後四個條目。由於標籤的數量可以隨着元素的不同而不同（即線到線），就像元素類型和節點索引的數量一樣，每一行可以有不同數量的整數。

對於$Nodes和$Elements，對於快速閱讀此數據的任何幫助表示讚賞。

來源

2017-01-13 Nico Schlömer

下面是基於NumPy的一個有些怪異的實現：

f = open('foo.msh') 
f.readline() # '$MeshFormat\n' 
f.readline() # '2.2 0 8\n' 
f.readline() # '$EndMeshFormat\n' 
f.readline() # '$Nodes\n' 
n_nodes = int(f.readline()) # '8\n' 
nodes = numpy.fromfile(f,count=n_nodes*4, sep=" ").reshape((n_nodes,4)) 
# array([[ 1. , -0.5, -0.5, -0.5], 
# [ 2. , 0.5, -0.5, -0.5], 
# [ 3. , -0.5, 0.5, -0.5], 
# [ 4. , 0.5, 0.5, -0.5], 
# [ 5. , -0.5, -0.5, 0.5], 
# [ 6. , 0.5, -0.5, 0.5], 
# [ 7. , -0.5, 0.5, 0.5], 
# [ 8. , 0.5, 0.5, 0.5]]) 
f.readline() # '$EndNodes\n' 
f.readline() # '$Elements\n' 
n_elems = int(f.readline()) # '2\n' 
elems = numpy.fromfile(f,sep=" ")[:-1] # $EndElements read as -1 
# This array must be reshaped based on the element type(s) 
# array([ 1., 4., 2., 1., 11., 1., 2., 3., 5., 2., 4., 
# 2., 1., 11., 2., 5., 6., 8.])

來源

2017-01-13 19:25:30 DyZ

讀格式的數據（GMSH網格格式）

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