文件未找到，但文件存在

Question

我正在使用服務器，用戶應該能夠對數據庫運行蛋白質序列，並使用名爲blastall的可執行文件。服務器生成一個可執行文件，然後它應該使用批處理運行。但是，它似乎沒有運行。這裏是一個可執行的示例生成（cmd.sh）：

#!/usr/bin/env sh 
cd /var/www/dbCAN 
php -q /var/www/dbCAN/tools/blast.php -e -w /var/www/dbCAN/data/blast/20121019135548 

凡在的那個端部的瘋狂數量是基於提交作業時對自動生成的作業ID。有兩個問題，我試圖一次解決一個問題。第一個問題是，當手動執行（由我只需運行./cmd.sh），我收到以下錯誤：

sh: 1: /var/www/dbCAN/tools/blast/bin/blastall: not found 
sh: 1: /var/www/dbCAN/tools/blast/bin/blastall: not found 
sh: 1: -t: not found 

但是，這並沒有真正意義的我，作爲指定的目錄中不事實上包含blastall。它具有完整的rwx權限，並且沿途的每個目錄都具有適當的權限。

在工具blast.php文件看起來是這樣的：

try { 
    do_blast($opts["w"]); 
    $info['status'] = 'done'; 
    $fp = fopen("$opts['w']/info.yaml","w") 
    fwrite($fp, Sypc::YAMLDump($info)); fclose($fp); 
} 

與它上面當然變量聲明，以及do_blast功能看起來像這樣（再次與它上面聲明的變量和一個CD，所以目錄工作）：

function do_blast($workdir) 
{ 
    system("/var/www/dbCAN/tools/blast/bin/blastall -d data/blast/all.seq.fa -m 9 -p blastp -i $workdir/input.faa -o $workdir/output.txt") 
    system("/var/www/dbCAN/tools/blast/bin/blastall -d data/blast/all.seq.fa -p blastp -i $workdir/input.faa -o $workdir/output2.txt") 
} 

任何想法可能會導致此問題？我認爲這可能是因爲我正在運行它，它是由apache創建的，但rwx允許所有用戶使用。如果需要，我可以包含更多的信息，但是我現在選擇不這樣做，因爲編寫PHP的原始人將所有內容都分解成了大量小文件，因此很難確定問題的確切位置。任何想法（如果不是完整的解決方案）非常讚賞。

編輯：找到解決方案。事實證明，blastall可執行文件是在不同的linux系統上編譯的。切換到不同的可執行文件，並且完美無瑕地運行。

Answer 1

的解決辦法是重新編譯blastall可執行文件。它已經爲Redhat編譯，我正在使用Ubuntu。不幸的是，我認爲我給出的可執行文件是針對我的系統的，而不是之前的。

Answer 2

它可能是一個相對路徑在腳本中的問題？見我的答案在這裏，也許它可以幫助：

finding a file in php that is 4 directories up