blast

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我已經在r中編寫了一個非常快速的高級腳本，以便與NCBI blast API進行交互。然而，有時候，結果url需要一段時間才能加載，我的腳本會拋出一個錯誤，直到url準備就緒。有沒有一種優雅的方式（即tryCatch選項）來處理錯誤，直到結果返回或在指定時間後超時？ library(rvest) ## Definitive set of blast API instructions ca

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通過evalue過濾爆炸結果，但僅在唯一的情況下

我正在使用以下格式生成數百個不同文件的管道（我在字段中寫入X，我不在乎）： id1 X X X X X X X X X evalue1 X id2 X X X X X X X X X evalue2 X ... 我要過濾這些文件，對於每一個ID，採取基礎上，安勤（越小越好）最好的結果，但如果最好的安勤重複使用相同的ID不計該ID。作爲例子，如果輸入文件是： id1 X X X X X

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本地爆炸長度選項

我有一個比較大的blastn輸出文件。由於沒有選項可以指定查詢序列的最小核苷酸長度，因此我的想法是在使用awk進行blast運行後搜索它。文件的一個例子是這樣的：用awk > abc Length=4553119 Score = 273 bits (302), Expect = 3e-74 Identities = 151/151 (100%), Gaps = 0/151 (0%) S

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在PHP中執行外部BLAST程序

我想在PHP中執行一個blastx搜索應用程序，而不是Linux控制檯文本終端。實際的命令行參數會（see definition of refer）： ./blastx -query $input -db ${Sbjct}_db -evalue 0.0001 -outfmt 6 -out /path/to/output.tsv 這裏是我的PHP部分代碼。 exec(' /path/to/b

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Blast +本地配置：如何配置nt和nr數據庫？

我正在配置Blast +在我的mac上（os sierra）並且在配置我也在本地下載的nr和nt數據庫時遇到了問題。我正在嘗試關注NCBI的指令here，並且正在執行配置和執行步驟。他們說改變我的.bash_profile，以便它說： export PATH=$PATH:$HOME/Documents/Luke/Research/Pedulla\ 17-18/blast/ncbi-blast-2

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使用GSON解析長JSON

我試圖解析這樣一個很長的JSON。 { "BlastOutput2": [ { "report": { "program": "blastn", "version": "BLASTN 2.6.0+", "reference": "Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A.

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我需要幫助完成這個生物信息學程序

我需要創建一個程序，可以將一些文本文件稱爲fasta文件並將其轉換爲sequence_name，Domain_names，Domain of Domain，Domain of Domain。所以一個FASTA文件只是一個文本文件，它看起來像這樣 >MICE_8 ATTCGATCGATCGATTTCGATCGATCGATCGATCGGGATCGATCGATCGATCGATC >MICE_59

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使用多線程在R中運行shell腳本

我想用命令system（）在R中運行shell腳本（BLAST + in NCBI），但它似乎只使用一個線程，即使我在shell腳本中設置了多個線程。在這種情況下，我應該怎麼做才能使用多線程？的代碼是 system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident pp

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使用biopython創建沒有創建任何文件的文件

我有一個工作代碼，它在ncbi服務器上執行BLAST，然後以xml格式返回序列。它正在工作，但我想避免製作新文件並直接在終端上打印BLAST結果。這是否有一個很好的解決方案呢？我粘貼在我的代碼下面，這是工作，但它正在創建一個新的文件。 result_handle = NCBIWWW.qblast( "blastx", "nr", sequences, entrez_query = organ

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如何在R中編寫csv文件以獲取以下數據？

我想要使用登錄號碼獲取Get taxonomic層次結構。我發現這樣做最簡單的方法是 library('taxize') for (year in c("AY744148.1","AY656167.1","AY656168.1")){print(paste(year))} classification(genbank2uid(id = year), db = "ncbi") R的給我下面的