重新計算距離矩陣

我有一個很大的輸入矩陣（4000x10000）。我使用dist()來計算它的歐幾里德距離矩陣（大約需要5個小時）。
我需要爲另一行（對於4001x10000矩陣）計算「相同」矩陣的距離矩陣。在不重新計算整個矩陣的情況下確定距離矩陣的最快方法是什麼？重新計算距離矩陣

來源

2012-12-02 sztup

你知道如何做，但不是在R或你不知道該怎麼做嗎？ – carlosdc

額外的行是額外的點還是額外的變量/維度？ – flodel

我假設你的額外的行意味着一個額外的點。如果它意味着一個額外的變量/維度，它會要求一個不同的答案。

首先，對於矩陣的歐氏距離，我建議使用fields包中的rdist函數。它是用Fortran編寫的，比dist函數快很多。它返回一個matrix而不是dist對象，但您可以始終使用as.matrix和as.dist從一個到另一個。

這裏是（比你小）樣本數據

num.points <- 400 
num.vars <- 1000 
original.points <- matrix(runif(num.points * num.vars), 
          nrow = num.points, ncol = num.vars)

你已經計算出的距離矩陣：

d0 <- rdist(original.points)

的額外點（S），你只需要計算距離額外點之間以及額外點與原始點之間的距離。我將使用兩個加分證明的解決方案是由一般到任意數量的加分：

extra.points <- matrix(runif(2 * num.vars), nrow = 2) 
inner.dist <- rdist(extra.points) 
outer.dist <- rdist(extra.points, original.points)

這樣你就可以將它們綁定到你的更大的距離矩陣：

d1 <- rbind(cbind(d0, t(outer.dist)), 
      cbind(outer.dist, inner.dist))

讓我們來看看它匹配什麼一個完整的，長期rerun會產生：

d2 <- rdist(rbind(original.points, extra.points)) 

identical(d1, d2) 
# [1] TRUE

來源

2012-12-02 12:14:59 flodel

我試過用： mydist <-dist（original.points） mydist < - as.matrix（mydist） euc.dist <-function（x）{ sqrt（sum（（extra.point - x）^ 2）） } extra.dist <-apply（original.points，1，euc.dist） rbind（mydist，extra.dist）我的問題是將多餘的行綁定到類「dist」 – sztup

距離矩陣是一個方形矩陣。您最後只需添加一行，您還應該在末尾添加一列，並且右下角的值應爲零（額外點與其自身之間的距離）。但請閱讀我的解決方案... – flodel

重新計算距離矩陣

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