格式化蟒子命令popen方法

我試圖格式化以下awk命令格式化蟒子命令popen方法

awk -v OFS="\t" '{printf "chr%s\t%s\t%s\n", $1, $2-1, $2}' file1.txt > file2.txt

在蟒子POPEN使用。不過，我很難格式化它。我嘗試了類似答案中提出的解決方案，但都沒有工作。我也嘗試使用原始字符串文字。此外，我不希望使用殼=真，因爲這是不推薦

根據評論

編輯：我試過命令是

awk_command = """awk -v OFS="\t" '{printf "chr%s\t%s\t%s\n", $1, $2-1, $2}' file1.txt > file2.txt""" 
command_execute = Popen(shlex.split(awk_command))

但是我在執行這個

出現以下錯誤

KeyError: 'printf "chr%s\t%s\t%s\n", $1, $2-1, $2'

google搜索錯誤提示，當請求爲未定義鍵的值出現這種情況，但我不明白這裏的上下文

來源

2015-01-16 pd0321

歡迎來到SO！你向我們展示了你想要的，但不是你得到的，也不是產生它的代碼。如果沒有其他信息，我們很難幫助。 – AlG

從python中清除awk就像是將相機指向電視機，從另一臺電視機上觀看。你看過're'模塊嗎？ –

你應該使用原始字符串文字：比較：'print（r'「\ t」'）'與'print（'「\ t」'）''。 – jfs

最簡單的方法，特別是如果你想保持輸出重定向的東西，是subprocess與shell=True - 那麼你只需要轉義Python特殊字符。該行作爲一個整體將由默認shell解釋。
- 警告：不要將此與不受信任的輸入一起使用，而不要先將其消毒！
或者，也可以代替用argv型序列中的命令行和飼料，爲subprocess代替。然後，你需要提供的東西，該程序會看到它：
- 刪除所有的外殼層逸出
- 刪除輸出重定向的東西，做重定向你自己，而不是

關於具體問題：

你沒有轉義python字符串中的特殊字符\t和\n成了文字標籤和換行符（嘗試print awk_command）使用
shlex.split是shell=True沒有什麼不同 - 與添加的不可靠性，因爲它不能保證是否會解析字符串以同樣的方式在你的shell會在每一種情況下（不提到外殼缺乏變化）。
- 具體來說，它不知道或關心的重定向部分的特殊含義：
```
>>> awk_command = """awk -v OFS="\\t" '{printf "chr%s\\t%s\\t%s\\n", $1, $2- 1, $2}' file1.txt > file2.txt""" 
>>> shlex.split(awk_command) 
['awk','-v','OFS=\\t','{printf "chr%s\\t%s\\t%s\\n", $1, $2-1, $2}','file1.txt','>','file2.txt'] 
```

所以，如果你想使用shell=False，做構建參數列表你自己。

來源

2015-01-16 14:32:20

我試圖避免shell = True。另外根據後面的編輯我使用shlex.split（）應該相應地拆分它，但不知何故我得到Keyerror，我無法調試它的原因在這裏。 – pd0321

嘿，非常感謝評論。我想我的緊迫感我會去使用shell = True，但即使如此，我也無法讓它工作。我用shell = True的命令是'Popen（「」「awk -v OFS =」\\ t「'{printf'chr％s \\ t％s \\ t％s \\ n'，$ 1，$ 2 -1，$ 2}'file1.txt> file2.txt「」「，shell = True）'不過，我想用％s的部分沒有正確地翻譯awk – pd0321

單引號內有單引號。 –

>是shell重定向操作符。爲了實現它在Python，使用stdout參數：

#!/usr/bin/env python 
import shlex 
import subprocess 

cmd = r"""awk -v OFS="\t" '{printf "chr%s\t%s\t%s\n", $1, $2-1, $2}'""" 
with open('file2.txt', 'wb', 0) as output_file: 
    subprocess.check_call(shlex.split(cmd) + ["file1.txt"], stdout=output_file)

爲了避免啓動一個單獨的進程，你可以實現在純Python這個特殊awk命令。

來源

2015-01-16 19:05:38 jfs

格式化蟒子命令popen方法

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