R或MATLAB - 匹配列名修改相應單元以矩陣

我想列與節點轉換爲標頭以矩陣下面爲它們相應的基因如下：R或MATLAB - 匹配列名修改相應單元以矩陣

NODE Gene1 Gene2 Gene3 Gene4 Gene5 NODE1 NODE2 NODE3 
1 NODE1 0.98 0.98 NA NA NA NA NA NA 
2 NODE2 NA NA 0.8 0.8 NA NA NA NA 
3 NODE3 NA NA NA NA 0.72 0.72 NA NA 
4 NODE4 NA NA NA NA NA NA 0.6 0.6

作爲

NODE1 = Gene1 and Gene2 
NODE2 = Gene3 and Gene4 
NODE3 = Gene5 and NODE1 = Gene5 and Gene 1 and Gene2

我想在NODE1 2,3兩個節點列細胞移動到其相應的基因colunms輸出像這樣的文件：

NODE Gene1 Gene2 Gene3 Gene4 Gene5 
1 NODE1 0.98 0.98 NA NA NA  
2 NODE2 NA NA 0.8 0.8 NA  
3 NODE3 0.72 0.72 NA NA 0.72  
4 NODE4 0.6 0.6  NA 0.6 0.6

有沒有這樣做的方法？我可以使用R或MATLAB來做到這一點嗎？

最好的問候，

凱瑟琳

來源

2011-04-04 Catherine

是的，你可以... – Andrie 2011-04-04 15:47:06

我不能說我完全理解你想要的輸出。 'NODE4'對應的是什麼？ – 2011-04-04 15:53:55

Node4代表節點2和節點3。所以它們也代表了node2和node3中的相應基因。你能介意給我一些指導如何與R做？ – Catherine 2011-04-05 22:08:52

在Matlab中，你可以做這樣的：

clear all 
    nrgenes=5; 
    nrnodes=4; 
    matrix=zeros(nrnodes,nrgenes+nrnodes); 
    matrix(1,1:2)=0.98; 
    matrix(2,3:4)=0.8; 
    matrix(3,5:6)=0.72; 
    matrix(4,7:8)=0.6; 

    for i=1:nrnodes 
     for j=nrgenes+1:nrgenes+nrnodes 
      if (matrix(i,j)~=0) 
       matrix(i,1:nrgenes)=matrix(i,1:nrgenes)+matrix(i,j)*logical(matrix(j-nrgenes,1:nrgenes)); 
      end 
     end 
    end 
    result=matrix(1:nrnodes,1:nrgenes);

一些注意事項：

您可能到運行兩次這展開所有條目取決於條目的配置，但我認爲你知道如何去做來自代碼。
您的示例結果的Node4行中存在輕微錯誤。
這是用兩個嵌套for循環編碼。對於大型矩陣來說速度慢，效率低，但更容易理解。您可能必須對大矩陣進行矢量化以提高執行時間。

來源

2011-05-31 09:04:49 Christoph

R或MATLAB - 匹配列名修改相應單元以矩陣

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