R：mamelanobis在cmeans中的實現[e1071]

Question

我只是想知道cmeans函數[在包e1071中]是否使用Mahalanobis距離執行聚類？

非常感謝

Answer 1

的e1071包不具有馬氏選項。但是，您可以查看cluster程序包和fanny函數。按照幫助頁面，它還計算數據的模糊聚類爲k-聚類。有了這個功能，你可以提供你自己的距離矩陣。

因此，對於馬氏距離，您可以使用dist來計算距離矩陣，然後運行聚類。

require(cluster) 
set.seed(123) 
x<-rbind(matrix(rnorm(100,sd=0.3),ncol=2), 
     matrix(rnorm(100,mean=1,sd=0.3),ncol=2)) 
y <- dist(x, "mahalanobis") 
fanny(y, k=2) 

鑑於你在這裏的功能的等價理解的顧慮是比較它們的例子：

require(e1071) 
cl<-cmeans(x,centers=2,iter.max=20,dist="euclidean",method="cmeans",m=2) 
fl <- fanny(x, k=2, maxit=20, metric="SqEuclidean", memb.exp=2) 

> head(cl$membership) 
      1   2 
[1,] 0.9948729 0.005127121 
[2,] 0.3647778 0.635222221 
[3,] 0.9290126 0.070987385 
[4,] 0.7588260 0.241174043 
[5,] 0.9282550 0.071745007 
[6,] 0.9599231 0.040076886 
> head(fl$membership) 
      [,1]  [,2] 
[1,] 0.9948722 0.005127775 
[2,] 0.3647890 0.635211040 
[3,] 0.9290171 0.070982905 
[4,] 0.7588304 0.241169649 
[5,] 0.9282575 0.071742489 
[6,] 0.9599221 0.040077878 

雖然不是完全相同的，你可以看到有非常密切的。你也會注意到範妮正在指定歐幾里德距離的平方，這是cmeans正在做的。該等同性在公制下的fanny幫助頁面?fanny中註明。