igraph：連續屬性向量的着色節點

Question

任何想法我在做什麼錯誤在下面的語法？我試圖通過使用顏色漸變的連續屬性「EM」對我的節點着色。在最後一個命令後我得到錯誤：

Error in palf[V(g)$EM] : object of type 'closure' is not subsettable

我不知道這是什麼意思。

library(igraph) # This loads the igraph package 
dat=read.csv(file.choose(),header=TRUE,row.names=1,check.names=FALSE) # choose an adjacency matrix from a .csv file 
m=as.matrix(dat) # coerces the data set as a matrix 
g=graph.adjacency(m,mode="undirected",weighted=NULL) # this will create an 'igraph object' 

a=read.csv(file.choose()) 
V(g)$EM=as.character(a$EM[match(V(g)$name,a$ID)]) # This code says to create a vertex attribute called "EM" by extracting the value of the column "EM" in the attributes file when the ID number matches the vertex name. 
V(g)$EM # This will print the new vertex attribute, "EM" 

palf <- colorRampPalette(c("gray80", "dark red")) 

V(g)$color <- palf[V(g)$EM] 

Answer 1

的錯誤意味着你想使用[]操作的對象，不承認它 - 因爲它沒有子集。在這種情況下，對象是palf，這是一項功能。 （R稱爲closure，在這種情況下，它基本上意味着「函數對象」）。palf函數實際上做的是給出從「gray80」到「darkred」漸變顏色的向量，其中n元素，其中n是你通過它的論點。

我有點不清楚你爲什麼使用「as.character」而不是「as.numeric」或其他什麼，但假設EM是一個真正的數字，就像你的問題標題所暗示的那樣，你可以做類似這樣的： （見Scale a series between two points）

range1.100 <- function(x){1 + 99*(x-min(x))/(max(x)-min(x))} 
colr <- palf(100); 
V(g)$color <- colr[round(range1.100(V(g)$EM))]