如何使用ggplot和aes函數在R中創建分組條形圖？

我試圖從以下數據（從ddply函數返回）創建一個分組條形圖，其中x軸具有全部4個CWD變量（對於2個站點中的每個），y軸是平均值。如何使用ggplot和aes函數在R中創建分組條形圖？

我的代碼是：

library(plyr) 
library(reshape2) 
library(ggplot2) 

ddply(data, c("Site","Plot","Cover"), summarise, mean=mean(Height), sd=sd(Height), 
    sem=sd(Height)/sqrt(length(Height))) 

BranchSize <- ddply(data, c("Site","CWD"), summarise, mean=mean(Volume), 
    sd=sd(Volume), sem=sd(Volume)/sqrt(length(Volume)))

，並返回該表。這張表是數據框已經存在嗎？還是我需要使它成爲一個才能使用它？

Site CWD  mean   sd  sem 
1 High Bark 975.7273 2603.077 554.9780 
2 High Branch 36827.7735 107668.064 13056.6706 
3 High Cage 116041.4286 154934.888 58559.8832 
4 High Log 73463.3636 121054.372 25808.8788 
5 Low Bark  40.0000   NA   NA 
6 Low Branch 1323.8280 2304.571 595.0377 
7 Low Cage 101.5000   NA   NA 
8 Low Log 102600.0000   NA   NA

然後使用此代碼：

limits <- aes(ymax = BranchSize$mean + BranchSize&se, 
    ymin=BranchSize$mean - BranchSize&se) 
CWDVol<-ggplot(data = BranchSize, 
    aes(x = factor(CWD), y = mean, fill = factor(Site))) 
CWDVol

當我運行此命令，出現在我的情節，但有沒有酒吧。

後來，當我運行此：

CWDVol + geom_bar(stat = "identity", position_dodge(0.9)) + 
    geom_errorbar(limits, position = position_dodge(0.9), width = 0.25) + 
    labs(x = "CWD Type", y = "Average Volume") + 
    ggtitle("Average CWD Size in each Site") + 

    scale_fill_discrete(name = "Site")

我不斷收到此錯誤：「錯誤：映射必須由aes()或aes_()創建」

任何提示將不勝感激。

來源

2016-07-25 Dominique

嘗試'STAT =「計數」'？ – Jimbou

在'geom_bar'中通過'position = position_dodge（0.9）'，在'limits'中，你做了這個：'BranchSize $ se'，沒有變量叫做'se'。另外，您不必包含'BranchSize $' – Sumedh

謝謝。我將統計數據更改爲「計數」，並通過將「se」更改爲「sem」來糾正我的錯誤，但它仍然無效。當我運行CWDVol時，它會生成一個沒有任何條形圖的圖形 – Dominique

TL;博士你留出了名的position說法，所以geom_bar假設position_dodge(0.9)是mapping說法。一旦你確定一切似乎都很好。

BranchSize <- read.table(header=TRUE,text=" 
Site CWD  mean   sd  sem 
High Bark 975.7273 2603.077 554.9780 
High Branch 36827.7735 107668.064 13056.6706 
High Cage 116041.4286 154934.888 58559.8832 
High Log 73463.3636 121054.372 25808.8788 
Low Bark  40.0000   NA   NA 
Low Branch 1323.8280 2304.571 595.0377 
Low Cage 101.5000   NA   NA 
Low Log 102600.0000   NA   NA") 

library(ggplot2) 
limits <- aes(ymax=mean+sem, ymin=mean-sem) 
CWDVol <- ggplot(data=BranchSize, 
       aes(x=factor(CWD),y=mean,fill=factor(Site))) 
CWDVol + geom_bar(stat="identity",position=position_dodge(0.9))+ 
    geom_errorbar(limits, position = position_dodge(0.9), width = 0.25) + 
    labs(x = "CWD Type", y = "Average Volume") + 
    ggtitle("Average CWD Size in each Site")+ 
    scale_fill_discrete(name = "Site")+ 
    scale_y_log10()

其他一些建議：

不映射中使用$，它只會搗亂
也許使用+/- 2 SEM（或1.96 SEM）的置信區間？（所有的觀衆可能會被試圖做這種轉變在他們的頭上，否則）是

代碼的結果如下

來源

2016-07-25 12:36:15

非常感謝您的幫助！對此，我真的非常感激。最後一件事 - 我將如何着手在每個欄上添加樣本大小（例如：n = 2）？使用text（）唯一的方法（然後我手動添加標籤）？我通過使用長度（）提取樣本大小（） – Dominique

在堆棧溢出和Web上有很多這樣的答案。如果找不到，請發帖提問。 –

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