獲取組合中的百分比

Question

相對較新的R和非常新的這裏在計算器。

我正試圖從顯微鏡分析.csv輸出文件。

輸出將告訴我圖像上的每個小區是否爲「正」（具有1表示）或「陰性」（具有0）

my_data <- data.frame(cell = 1:4, marker_a = c(1, 0, 0, 0), marker_b = c(0,1,1,1), marker_c = c(0,1,1,0))

有時我們測量4個標記，有時更多。

我已經寫的東西，給我一個向量的「使用標記」，並放棄「未標記」（在這種情況下，將標記E，F，G這在.csv文件也顯示）。

我想自動獲取單元格可以採用的所有可能組合。

細胞可用於所有標記爲0，或者可以針對marker_b，marker_c，marker_d是正面爲marker_a但負。

我的最終目標是量化所有屬於每個類別/組合的單元格。

我想要一個向量，將所有具有0值的標記的每個可能的組合命名爲它們的所有值都爲1的值。

到目前爲止，我一直在做的是手動生成組合。

no_marker <- my_data$marker_a == 0 & my_data$marker_b == 0 & my_data$marker_c == 0 a_positive <- my_data$marker_a == 1 & my_data$marker_b == 0 & my_data$marker_c == 0...

然後我就可以創建一個data.frame在以後添加更多的樣本。

cell_phenotypes <- c("no_marker", "a_positive", "ab_positive", "abc_positive", "abcd_positive", "b_ positive", "bc_positive"...)

我只是不想手動創建矢量每次。

Answer 1

聽起來像是你想expand.grid。

expand.grid(
    marker_a = c(0, 1), 
    marker_b = c(0, 1), 
    marker_c = c(0, 1), 
    marker_d = c(0, 1) 
) 

#> marker_a marker_b marker_c marker_d 
#> 1   0  0  0  0 
#> 2   1  0  0  0 
#> 3   0  1  0  0 
#> 4   1  1  0  0 
#> 5   0  0  1  0 
#> 6   1  0  1  0 
#> 7   0  1  1  0 
#> 8   1  1  1  0 
#> 9   0  0  0  1 
#> 10  1  0  0  1 
#> 11  0  1  0  1 
#> 12  1  1  0  1 
#> 13  0  0  1  1 
#> 14  1  0  1  1 
#> 15  0  1  1  1 
#> 16  1  1  1  1 

請注意，16是正確的數字;你可以檢查自2**4 = 16。