從Shiny應用程序下載的r markdown報告中使用圖像

Question

我創建了一個非常大的閃亮應用程序，它具有可下載的pdf報告。客戶已經在pdf的每一頁的標題中請求了他們的標識。當pdf本身（不是更大的閃亮應用程序的一部分）時，我可以在PDF上獲得徽標，但是當我嘗試從閃亮的應用程序中下載完全相同的報告時，pandoc無法找到圖像。下面是一個最低工作示例，以及我嘗試過但未能開始工作的事情列表。 smiley.png位於app.R文件夾中，可以被任何圖像替換。 smiley.png與我在完整應用中使用的圖像不同，因此它與原始圖像無關。

針織rmarkdown本身完美，幷包括標題。嘗試從閃亮的應用程序下載會導致問題。
我已經試過：

• 的圖像移動到一個名爲「圖像」，並引用圖片文件夾\ smiley.png而非smiley.png。同樣的錯誤也會失敗。
• 當應用上傳到shinyapps.io時，引用/srv/shiny-server/AppName/smiley.png。無法找到圖像（相同類型的錯誤）失敗。
• 使用普通的![Logo](smiley.png)語法而不是四個標題行。同樣的錯誤無法找到smiley.png
• <img src="smiley.png" />與我的www文件夾中的smiley.png不起作用。我正在編寫PDF，而不是HTML。 pdf編織，但不包含圖像。它只是刪除html。
• 使用plain ![Logo](smiley.png)與我的www文件夾中的smiley.png語法不起作用。同樣的錯誤;找不到smiley.png。

我最好的猜測是，當應用程序運行時，它以某種方式繞着目錄移動，並且.rmd無法找到圖像。那麼，爲了找到圖像我需要參考什麼？我可以把它放在一個特定的文件夾中嗎？我嘗試了很多不同的東西，並做了大量的研究，但找到一個類似的例子卻遇到了困難。我用閃光的應用程序中的圖片（不包含在下面）使用了www文件夾，添加了新文件夾，將圖片放在與.rmd相同的文件夾中......這是一個非常漫長的研究，試用，並沒有成功的錯誤。

的應用：

library(shiny) 
ui<-shinyUI(fluidPage(
    titlePanel("Hello Shiny!"), 
    sidebarPanel(
    downloadButton('downloadReport',label="Download Report") 
      ), 
    mainPanel(
     p("Hello") 
      ) 
)) 

server<-shinyServer(function(input, output) { 
    output$downloadReport <- downloadHandler(
     filename = function() { 
      paste0('Report_.pdf') 
          }, 
     content = function(file) { 
      src <- normalizePath('report.rmd') 
      owd <- setwd(tempdir()) 
      on.exit(setwd(owd)) 
      file.copy(src, 'report.rmd') 
      library(rmarkdown) 
      out <- render('report.rmd',pdf_document()) 
      file.rename(out, file) 
           } 
    ) 
}) 

shinyApp(ui, server)#Runs the app 

[R降價report.rmd：

--- 
title: "Test" 
date: "Friday, March 04, 2016" 
output: pdf_document 
header-includes: \usepackage{fancyhdr} 
--- 

\addtolength{\headheight}{1.0cm} 
\pagestyle{fancyplain} 
\lhead{\includegraphics[height=1.2cm]{smiley.png}} 
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt} 

```{r, echo=FALSE} 
plot(cars) 
``` 
```{r, echo=FALSE} 
plot(cars) 
``` 

錯誤：

C:/Apps/RStudio/bin/pandoc/pandoc report.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output report.pdf --template C:\Apps\R-3.1.1\library\rmarkdown\rmd\latex\default.tex --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable geometry:margin=1in 
pandoc.exe: Error producing PDF from TeX source. 
! Package pdftex.def Error: File `smiley.png' not found. 

See the pdftex.def package documentation for explanation. 
Type H <return> for immediate help. 
...            

l.88 \end{document} 

Warning: running command 'C:/Apps/RStudio/bin/pandoc/pandoc report.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output report.pdf --template C:\Apps\R-3.1.1\library\rmarkdown\rmd\latex\default.tex --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable geometry:margin=1in' had status 43 
Error : pandoc document conversion failed with error 43 
In addition: Warning message: 
package ‘shiny’ was built under R version 3.1.3 
Warning: Error in : pandoc document conversion failed with error 43 
Stack trace (innermost first): 
    55: pandoc_convert 
    54: render 
    53: download$func [C:/Data/Documents/Technomic/Testing images/app.R#25] 
    5: <Anonymous> 
    4: do.call 
    3: print.shiny.appobj 
    2: print 
    1: source 

謝謝！我希望有人有一些想法。我一直在研究和嘗試幾天的事情。

編輯：修正了輸出格式。

Answer 1

最後發現問題 - 它根本不在rmarkdown中。我正在將report.pdf複製到一個臨時目錄，以確保我可以寫入它，這意味着報告無法再找到該圖像。我所要做的就是將圖像複製到臨時目錄中。增加了兩條新線，現在它完美無缺！

希望這會幫助別人！我知道我花了很長時間尋找這個解決方案，並且找不到其他人試圖在可下載的報告中包含圖像。

library(shiny) 

# Define UI for application that draws a histogram 
ui<-shinyUI(fluidPage(
    titlePanel("Hello Shiny!"), 
    sidebarPanel(
     downloadButton('downloadReport',label="Download Report") 
    ), 
    mainPanel(
     p("Hello") 
    ) 
)) 

server<-shinyServer(function(input, output) { 
    output$downloadReport <- downloadHandler(
    filename = function() { 
     paste0('Report_.pdf') 
    }, 
    content = function(file) { 
     src <- normalizePath('report.rmd') 
     src2 <- normalizePath('smiley.png') #NEW 
     owd <- setwd(tempdir()) 
     on.exit(setwd(owd)) 
     file.copy(src, 'report.rmd') 
     file.copy(src2, 'smiley.png') #NEW 
     library(rmarkdown) 
     out <- render('report.rmd',pdf_document()) 
     file.rename(out, file) 
    } 
) 
}) 

shinyApp(ui, server)#Runs the app