R的烤寬麪條情節

我一直在閱讀Lasagna plots的R。在鏈接的論文附錄中，作者有很多代碼來實現這些圖。但它是一個PDF，我不能複製到RStudio（至少，我還沒有弄清楚如何）。有沒有人把這些變成一個包或者是否有人有更可用的格式的代碼？R的烤寬麪條情節

來源

2013-07-23 Peter Flom

這些看起來好吃，+1 ...從瀏覽圖。 1，我猜一些有針對性的使用'heatmap（）'可能會讓你朝某個方向發展...... – texb

來自文章：「寬麪條圖：意大利麪條圖的一個有趣的替代品」:-) –

不是更容易嘗試聯繫論文的作者？ – joran

千層麪圖似乎是熱圖，雖然名字很可愛。其他軟件包中的熱圖繪製得非常好。考慮Carl Witthoft指出的代碼中的第一個示例圖。您可以複製它在ggplot這樣的：

## Create the data 
palette <- brewer.pal(4, "PuOr")[-2] 
## the matrix containing data for Figure 02a 
H.mat <- matrix(NA, nrow=4, ncol=6) 
H.mat[1, 1:6] = 100*c(2, 1, 1, 1, 1, 2) 
H.mat[2, 1:6] = 100*c(2, 2, 2, 3, 2, 1) 
H.mat[3, 1:6] = 100*c(2, 2, 1, 1, 1, 3) 
H.mat[4, 1:6] = 100*c(3, 3, 2, 1, 2, 3) 

library(ggplot2) 
library(reshape2) 
rownames(H.mat)<-c('P1','T1','P2','T2') 
colnames(H.mat)<-seq(ncol(H.mat)) 
names(dimnames(H.mat))<-c('Subject','Time') 
H.df<-melt(H.mat)

取決於你願意，你可以得到不同類型的着色什麼。

# For continuous values. 
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=value)) + geom_tile(colour='black')

enter image description here

# If you consider the value to be categorical. 
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=factor(value))) + 
    geom_tile(colour='black')

enter image description here

# If you want those exact colours the author used: 
col<-palette[match(ordered(H.df$value),levels(ordered(H.df$value)))] 
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=col)) + 
    geom_tile(colour='black') + scale_fill_identity()

enter image description here