使用從Rcpp中的其他包的C函數

我想從C++函數中的cubature包中調用C例程以執行多維集成。使用從Rcpp中的其他包的C函數

我試圖重現基礎研發的例子是

library(cubature) 
integrand <- function(x) sin(x) 
adaptIntegrate(integrand, 0, pi)

我可以稱之爲從RCPP該R功能以下this recipe from the gallery，但會有一些性能損失，轉換從C/C來回++到R.從C++直接調用C函數似乎更明智。

C例程adapt_integrate從cubature出口與

// R_RegisterCCallable("cubature", "adapt_integrate", (DL_FUNC) adapt_integrate);

我不知道如何將它從C++調用然而，。這是我的跛腳嘗試，

sourceCpp(code = ' 
#include <Rcpp.h> 
using namespace Rcpp; 

// [[Rcpp::export]] 
double integrand(double x){ 
return(sin(x)); 
} 

// [[Rcpp::depends(cubature)]] 
// [[Rcpp::export]] 
Rcpp::List integratecpp(double llim, double ulim) 
{ 
    Rcpp::Function p_cubature = R_GetCCallable("cubature", "adapt_integrate"); 

    Rcpp::List result = p_cubature(integrand, llim, ulim); 
    return(result); 
} 
' 
) 

integratecpp(0, pi)

這不能編譯;顯然我正在做一些非常愚蠢的事情，並且錯過了將R_GetCCallable的輸出轉換爲Rcpp::Function（或直接調用它？）的一些重要步驟。我讀過幾篇涉及函數指針的相關文章，但還沒有看到使用外部C函數的例子。

來源

2013-12-09 baptiste

可惜cubature不出貨的頭在inst/include，所以你不得不借，從他們做這樣的事情在你的代碼：

typedef void (*integrand) (unsigned ndim, const double *x, void *, 
      unsigned fdim, double *fval); 

int adapt_integrate(
    unsigned fdim, integrand f, void *fdata, 
    unsigned dim, const double *xmin, const double *xmax, 
    unsigned maxEval, double reqAbsError, double reqRelError, 
    double *val, double *err) 
{ 
    typedef int (*Fun)(unsigned,integrand,void*,unsigned, 
     const double*,const double*, unsigned, double, double, double*, double*) ; 
    Fun fun = (Fun) R_GetCCallable("cubature", "adapt_integrate") ;   
    return fun(fdim,f,fdata,dim,xmin,xmax,maxEval,reqAbsError, reqRelError,val,err); 
}

這可能是與維護者negociate一個好主意cubature，他在inst/include中發送聲明，以便您只需使用LinkingTo。

來源

2013-12-09 16:51:44

非常感謝組裝這些缺失的部分。不幸的是，我將不得不重新思考這個問題，因爲從我看到的'adapt_integrate'將不會輕易接受使用armadillo的數據結構定義的integrand。爲了完整性，您能否添加一個最小的使用示例？ – baptiste

它給你的是訪問'cubature'註冊的函數指針。我不知道你應該怎麼處理C函數...... –

確實，[考慮使用示例]（http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/Cubature#例子）我看到麻煩了：'adapt_integrate_v'需要指向諸如'* fdata'之類的對象，被積函數期望指針如'* fval'，而我真正想要傳遞的參數是eg 'arma :: colvec'對象。我認爲我不能在兩者之間架起一座橋樑。我可能必須堅持使用R級接口，或者在C++中實現我自己的2D正交。 – baptiste

以前沒有看到這個問題，它看起來像@Romain解決它。

爲了完整起見，xts和RcppXts軟件包提供了一個有關各方如何操作的工作示例。在xts，我們這樣做（大約十功能）在（源）文件inst/include/xtsAPI.h：

SEXP attribute_hidden xtsLag(SEXP x, SEXP k, SEXP pad) {  
    static SEXP(*fun)(SEXP,SEXP,SEXP) = NULL;   
    if (fun == NULL)         
     fun = (SEXP(*)(SEXP,SEXP,SEXP)) R_GetCCallable("xts","lagXts"); 
    return fun(x, k, pad);        
}

與R_registerRoutines和R_RegisterCCallable平時的業務一起。

在RcppXts此作爲

function("xtsLag", 
     &xtsLag,  
     List::create(Named("x"), Named("k"), Named("pad")), 
     "Extract the coredata from xts object");

其工作得很好拾取（在RCPP模塊）。有人譴責我寫xts方更緊湊（因爲if NULL是虛假的），我最終會......。

來源

2013-12-09 19:33:19

感謝指針，不幸的是，這是一個情況下，兩個代碼段之間的適當粘合會花費我更多的時間和痛苦，而不是實際使用較慢的R實現進行計算。否則，我會考慮直接鏈接到原始的容量代碼，而不是通過使用舊版本的R軟件包。 – baptiste

這個問題已經三歲，但現在我要指出的是，與RCPP多維的整合可能會更容易使RcppNumerical庫可： https://github.com/yixuan/RcppNumerical

計算積分的程序是基於托馬斯·哈恩的古巴包並且也可在CRAN的R2Cuba庫中找到，因此如果您可以接受使用Cubature的功能adaptIntegrate()的古巴例程，則可能需要此包。

來源

2016-12-11 19:54:53 user31313

感謝您的指針。不過，最好將它保留爲註釋，因爲問題不是專門關於集成，而是關於從另一個包中訪問C函數的問題。儘管我很欣賞這個鏈接，但我最終使用了我自己的複製版本，但是這看起來像是一個值得選擇的選擇（尤其是如果已經使用了Eigen，但我已經習慣了Armadillo）。立方體的一個優點是能夠處理向量值的被積函數。 – baptiste

使用從Rcpp中的其他包的C函數

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