一個邊界列表R的多個鄰接矩陣R

Question

我有以下邊緣list與一個數字關聯的邊緣與路徑號。 `

Begin edge end edge path number 
1    3   1 
3    4   1 
4    5   1 
6    3   2 
3    2   2` 

我想構建鄰接matrices每個路徑：這是由以下matrix我稱之爲Totallist給出。在這個例子中，我想要兩個matrices，但可能會有更多。我寫了以下內容，但它只找到第一條路徑的matrix。我不知道該如何寫的東西，會爲任意數量的路徑，我扔在它的工作：

X<-as.data.frame(table(Totallist[,3])) 

nlines<-nrow(X) 
nlines 
freq<-X[1,2] 

diameterofmatrix<-max(Totallist) 

X1<-get.adjacency(graph.edgelist(as.matrix(Totallist[1:X[1,2],1:2]), directed=FALSE)) 
X1<-rbind(X1, 0) 
X1<-cbind(X1, 0) 
X1 

我還需要matrices到所有相同的尺寸所以這就是爲什麼我添加了一個額外的行和列。我可以繼續使用我的方法，但看起來很難看。非常感謝您的幫助。

Answer 1

要提取的鄰接矩陣轉換成一個列表，你可以做以下的（我產生一些假數據）：

set.seed(42) 
df <- data.frame(beginEdge = sample(1:10, 10, replace = TRUE), 
       endEdge = sample(1:10, 10, replace=TRUE), 
       pathNum = rep(c(1,2), each=5)) 
df 

     beginEdge endEdge pathNum 
1   10  5  1 
2   10  8  1 
3   3  10  1 
4   9  3  1 
5   7  5  1 
6   6  10  2 
7   8  10  2 
8   2  2  2 
9   7  5  2 
10   8  6  2 


paths <- unique(df$pathNum) # get the paths to iterate through 

如果我們讓節點因素，並設置的因子水平到所有節點在人口中，那麼將爲您網絡中的人口計算鄰接矩陣。我假設這裏的網絡是十個演員。如果您觀察到的數據包含您想要使用的所有節點，請將級別設置爲unique(c(df$beginEdge,df$endEdge))，或者您喜歡的任何節點組。

df$beginEdge <- factor(df$beginEdge, levels=1:10) 
df$endEdge <- factor(df$endEdge, levels=1:10) 

我們現在整個的路徑列表中去，創造矩陣存儲它們作爲一個列表：

list.of.adj.mats <- lapply(paths, function(i){ 
     matrix(as.numeric((
     table(df$beginEdge[df$pathNum==i], 
     df$endEdge[df$pathNum==i])+ 
     table(df$endEdge[df$pathNum==i], 
     df$beginEdge[df$pathNum==i]))>0), 
    nrow=length(levels(df$beginEdge)))}) 
list.of.adj.mats 
[[1]] 
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] 
[1,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0  0 
[2,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0  0 
[3,] 0 0 0 0 0 0 0 0 1  1 
[4,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0  0 
[5,] 0 0 0 0 0 0 1 0 0  1 
[6,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0  0 
[7,] 0 0 0 0 1 0 0 0 0  0 
[8,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0  1 
[9,] 0 0 1 0 0 0 0 0 0  0 
[10,] 0 0 1 0 1 0 0 1 0  0 

[[2]] 
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] 
[1,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0  0 
[2,] 0 1 0 0 0 0 0 0 0  0 
[3,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0  0 
[4,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0  0 
[5,] 0 0 0 0 0 0 1 0 0  0 
[6,] 0 0 0 0 0 0 0 1 0  1 
[7,] 0 0 0 0 1 0 0 0 0  0 
[8,] 0 0 0 0 0 1 0 0 0  1 
[9,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0  0 
[10,] 0 0 0 0 0 1 0 1 0  0