優化使用大量for循環的PHP代碼

Question

我的PHP代碼包含許多foreach循環，並且結果絕對是災難性的。運行時間太長。

是否有替代方案。我接受所有建議。

我在想，可能會實現基於Flash的客戶端，並使用actionscript來利用客戶端的CPU來運行邏輯。

或者有沒有辦法使用C/C++來處理服務器本身對計算要求較高的部分，並返回PHP的結果。

以下函數被調用1,000,000次。

public function performEnrichmentAnalysis($geneSet) { 
    /** 
    * $mainArray is a multi dimentional array. 
    * EntrezID | Set (0/1) | pValue | rank 
    */ 
    $mainArray = array(); 
    $finalArray = array(); 
    $originalGenesScore = 0; 
    $randomGenesScore = 0; 
    $u = 0; 
    $EntrezID = array(); 
    $Set = array(); 
    $pValue = array(); 
    $Rank = array(); 
    $originalGenes = $geneSet->getGenes(); 
    $memeberCount = $geneSet->getGeneCount(); 
    $randomGenes = $this->geneExpressionData->getRandomGenes($memeberCount); 
    /** 
    * Copy the elements of original and random gene sets to main array. 
    */ 
    foreach ($originalGenes as $key => $value) { 
     $pVal = $this->geneExpressionData->getExpressionValue($value); 
     $array = array('EntrezID' => $value, 'Set' => 0, 'pValue' => $pVal, 'Rank' => 999); 
     array_push($mainArray, $array); 
     unset($array); 
    } 
    foreach ($randomGenes as $key => $value) { 
     $pVal = $this->geneExpressionData->getExpressionValue($value); 
     $array = array('EntrezID' => $value, 'Set' => 1, 'pValue' => $pVal, 'Rank' => 999); 
     array_push($mainArray, $array); 
     unset($array); 
    } 
    /** 
    * sort the multi dimentaional array based on p-values 
    */ 
    foreach ($mainArray as $key => $row) { 
     $EntrezID[$key] = $row['EntrezID']; 
     $Set[$key] = $row['Set']; 
     $pValue[$key] = $row['pValue']; 
     $Rank[$key] = $row['Rank']; 
    } 
    array_multisort($pValue, SORT_ASC, $mainArray); 

    /** 
    * Assign ranks to the genes 
    */ 
    for ($index = 0; $index < count($mainArray); $index++) { 
     $row = $mainArray[$index]; 
     $row['Rank'] = $index + 1; 
     $row['Score'] = 0; 
     //print_r($row['Rank']); 
     array_push($finalArray, $row); 
    } 

    /** 
    * Calculate scores for each gene 
    */ 
    for ($i = 0; $i < count($finalArray); $i++) { 
     for ($j = $i + 1; $j < count($finalArray); $j++) { 
      if ($finalArray[$j]['Set'] != $finalArray[$i]['Set']) { 
       $finalArray[$i]['Score']++; 
      } 
     } 
    } 

    /** 
    * Calculate score for the entire set and get universal U and z score. 
    */ 
    for ($counter = 0; $counter < count($finalArray); $counter++) { 
     if ($finalArray[$counter]['Set'] == 0) { 
      $originalGenesScore += $finalArray[$counter]['Score']; 
     } 
     if ($finalArray[$counter]['Set'] == 1) { 
      $randomGenesScore += $finalArray[$counter]['Score']; 
     } 
    } 

    if ($originalGenesScore > $randomGenesScore) { 
     $u = $randomGenesScore; 
    } else { 
     $u = $originalGenesScore; 
    } 

    $zNumerator = $u - (($memeberCount * $memeberCount)/(2)); 
    $zDenominatorSquared = ($memeberCount * $memeberCount * ($memeberCount + $memeberCount + 1))/12; 

    $z = $zNumerator/sqrt($zDenominatorSquared); 

    if (abs($z) > 2.303) { 
     $this->temp001++; 
    } elseif (abs($z) > 1.605) { 
     $this->temp005++; 
    } else { 
     $this->tempRemaining++; 
    } 
} 

Answer 1

那麼，這不是真的可以輕鬆回答的問題。是的，假設你知道C++，代碼可以用C++重寫。我沒有看到任何重大障礙。

您將不得不想出一種方法將原始geneSet轉換爲C++代碼，然後構造一個表示您的$mainArray等的結構。使用std::vector爲您的陣列。

由於這段代碼本身並不實際生成任何webcontent，因此可以很容易地將該函數替換爲對服務器上安裝的C++程序的調用。我建議你實際上實現了在C++中調用這個函數的功能，因爲如果這被稱爲1M次，那麼你最好在C++中進行1M次調用，而不是在1M次調用一段C++代碼。