無法在並行代碼中調用C++代碼中的參數Snow

我正在使用Snow包開發並行R代碼，但使用Rcpp包調用C++代碼時，程序只是掛起並且沒有響應。無法在並行代碼中調用C++代碼中的參數Snow

作爲一個例子... 我有R中的以下代碼是使用雪分成一定數量的過程

MyRFunction<-function(i) { 
     n=i 
     .Call("CppFunction",n,PACKAGE="MyPackage") 
     } 
    if (mpi) { 
     cl<-getMPIcluster() 
     clusterExport(cl, list("set.user.Random.seed")) 
     clusterEvalQ(cl, {library(Rcpp); NULL}) 
     out<-clusterApply(cl,1:mc.cores,MyRFunction) 
     stopCluster(cl) 
     } 
    else 
     out <- parallel::mclapply(1:mc.cores,MyRFunction)

儘管我的C++函數看起來像...

RcppExport SEXP CppFunction(SEXP n) { 
     int n=as<int>(n); 
     }

如果我用mpi = false和mc.cores = [一定數量的線程]運行它，程序運行非常漂亮但是如果我用mpi = true運行它，因此使用雪，程序只是掛在int =int >（n）????? 在另一方面，如果我定義的C++函數作爲...

RcppExport SEXP CppFunction(SEXP n) { 
     CharacterVector nn(n); 
     int n=boost::lexical_cast<int>(nn[0]); 
     }

該程序完全運行在每個MPI螺紋??問題是，它適用於整數加倍等，但不是矩陣此外，我必須使用boost包中的lexical_cast使其起作用，因爲<>不。

有人知道這是爲什麼，我在這裏失蹤，所以我可以加載我的矩陣？

來源

2014-06-12 MenzZana

可能的重複http://stackoverflow.com/questions/6074310/snow-inline-rcpp?rq=1 –

最後的問題解決了，問題似乎在於與getMPICluster（），它適用於純的R代碼完全正常，但沒有很好地RCPP，作爲解釋以上。改爲使用makeMPICluster命令

mc.cores <- max(1, NumberOfNodes*CoresPerNode-1) # minus one for master 
    cl <- makeMPIcluster(mc.cores) 
    cat(sprintf("Running with %d workers\n", length(cl))) 
    clusterCall(cl, function() { library(MyPackage); NULL }) 
    out<-clusterApply(cl,1:mc.cores,MyRFunction) 
    stopCluster(cl)

很好用！問題是您必須手動定義R代碼中每個節點的節點和內核數量，而不是使用mpirun命令來定義它。

來源

2014-06-13 07:35:17 MenzZana

您應該編輯您的問題，而不是傾銷未回答的答案。 –

它不是從你的問題，你在做什麼，但我會建議

簡化完全清楚：雪肯定的作品，並與RCPP工作，它與其他軟件包確實
信任包：當所有節點都是相同的本地包時，我發現並行計算設置更容易
請小心線程：如果您在雪情況下顯式線程有問題，請在沒有它的情況下嘗試而加一次基本機制工作

來源

2014-06-12 19:21:44

我想它不像我認爲的那樣引用的問題是一樣的，因爲你也回答了這個問題。 –

感謝您的建議。我已經在Rcpp郵件列表中提出了這個問題，並希望有人知道我在做什麼錯誤 – MenzZana

嗯，我是該列表的所有者/管理員，所以我會告訴你在那裏（但還有其他知識豐富的用戶）。儘管您的帖子還沒有完成，所以請確保您已訂閱。 –

無法在並行代碼中調用C++代碼中的參數Snow

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