matplotlib中帶有重疊點的散點圖的可視化

我必須在matplotlib散點圖中表示大約30,000個點。這些點屬於兩個不同的類別，所以我想用不同的顏色來描繪它們。matplotlib中帶有重疊點的散點圖的可視化

我成功地這樣做了，但有一個問題。這些觀點在許多地區重疊，而我最後描述的這個階級將會在另一個階層上被可視化，隱藏它。此外，散點圖不可能顯示每個區域有多少點。我也試圖用histogram2d和imshow製作2D直方圖，但很難以清晰的方式顯示屬於兩個類的點。

你能否提出一種方法來明確課程的分佈和要點的集中？

編輯：爲了更清楚，這是 link，格式爲我的數據文件「X，Y，類」

來源

2013-09-28 markusian

爲什麼不使用兩種顏色的直方圖？它看起來不夠好嗎？ –

@OfirIsrael我曾嘗試使用histogram2d和與alpha級別imshow有兩個重疊的直方圖，但結果似乎很差 – markusian

您是否嘗試使用輪廓而不是alpha混合顯示直方圖？ http://matplotlib.org/api/pyplot_api.html#matplotlib.pyplot.contour – grep

一種方法是繪製數據作爲具有低阿爾法一個散點圖，因此您可以看到各個點以及粗略的密度。（這樣做的缺點是，該方法具有的重疊它能夠顯示有限的範圍內 - 即，約1 /α-的最大密度。）

下面是一個例子：

enter image description here

作爲你可以想象，因爲可以表達的重疊範圍有限，所以在各個點的可見度和重疊量的表達（以及標記，繪圖等的大小）之間存在權衡。

import numpy as np 
import matplotlib.pyplot as plt 

N = 10000 
mean = [0, 0] 
cov = [[2, 2], [0, 2]] 
x,y = np.random.multivariate_normal(mean, cov, N).T 

plt.scatter(x, y, s=70, alpha=0.03) 
plt.ylim((-5, 5)) 
plt.xlim((-5, 5)) 
plt.show()

（我假設在這裏你的意思30e3點，不30e6。對於30e6，我覺得有些類型的平均密度的情節將是必要的。）

來源

2013-09-28 15:22:23 tom10

您還可以通過先計算着色點散射分佈的核密度估計，以及使用密度值爲散射的每個點指定顏色。修改代碼在前面的示例：

import numpy as np 
import matplotlib.pyplot as plt 
from scipy.stats import gaussian_kde as kde 
from matplotlib.colors import Normalize 
from matplotlib import cm 

N = 10000 
mean = [0,0] 
cov = [[2,2],[0,2]] 

samples = np.random.multivariate_normal(mean,cov,N).T 
densObj = kde(samples) 

def makeColours(vals): 
    colours = np.zeros((len(vals),3)) 
    norm = Normalize(vmin=vals.min(), vmax=vals.max()) 

    #Can put any colormap you like here. 
    colours = [cm.ScalarMappable(norm=norm, cmap='jet').to_rgba(val) for val in vals] 

    return colours 

colours = makeColours(densObj.evaluate(samples)) 

plt.scatter(samples[0], samples[1], color=colours) 
plt.show()

我前一陣子，得知這一招時，我注意到了散射函數的文檔 -

c : color or sequence of color, optional, default : 'b'

c能是單一顏色格式字符串或長度爲N的顏色規格序列或要映射到列的一系列N號碼或使用通過kwargs指定的cmap和norm（見下文）。請注意，c不應該是單個數字RGB或RGBA序列，因爲它與要進行彩色映射的值數組難以區分。 c可以是其中行是RGB或RGBA的二維數組，但是，包括單行的情況以指定所有點的相同顏色。

來源

2016-05-18 12:10:28 vishakad

matplotlib中帶有重疊點的散點圖的可視化

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