2012-09-06 110 views
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我對Java很陌生,想要構建一個可以將GenBank文本文件轉換爲FASTA格式的程序。基本上會有兩個文本框:一個是我將上傳GenBank格式文件的地方,另一個是顯示轉換後的FASTA格式文件的地方。將GenBank格式文件轉換爲FASTA格式

這是一個基因庫格式文件:

LOCUS  AB000263     368 bp mRNA linear PRI 05-FEB-1999 
DEFINITION Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete 
      cds. 
ACCESSION AB000263 
ORIGIN  
     1 acaagatgcc attgtccccc ggcctcctgc tgctgctgct ctccggggcc acggccaccg 
     61 ctgccctgcc cctggagggt ggccccaccg gccgagacag cgagcatatg caggaagcgg 
     121 caggaataag gaaaagcagc ctcctgactt tcctcgcttg gtggtttgag tggacctccc 
     181 aggccagtgc cgggcccctc ataggagagg aagctcggga ggtggccagg cggcaggaag 
     241 gcgcaccccc ccagcaatcc gcgcgccggg acagaatgcc ctgcaggaac ttcttctgga 
     301 agaccttctc ctcctgcaaa taaaacctca cccatgaatg ctcacgcaag tttaattaca 
     361 gacctgaa 
// 

及其相應的FASTA格式的文件是:

>AB000263 |acc=AB000263|descr=Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete cds.|len=368 
ACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCACCGCTGCCCTGCC 
CCTGGAGGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAGCATATGCAGGAAGCGGCAGGAATAAGGAAAAGCAGC 
CTCCTGACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGCCGGGCCCCTCATAGGAGAGG 
AAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCCGGGACAGAATGCC 
CTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCATGAATGCTCACGCAAG 
TTTAATTACAGACCTGAA 

任何人可以幫我諮詢如何到或代碼修剪基因庫文件並通過單擊按鈕將其顯示在第二個文本框中。

我正在使用Netbeans 6.9。

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你嘗試過什麼嗎?例如,谷歌如何在Java中實現gui。 – gigadot

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gui的實現是好的,但無法弄清楚如何修剪數據並提取我需要的並按正確順序重新排列的數據 –

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谷歌[說](http://www.google.com/search?q=convert+ genbank + to + fasta + java)選擇一個[converter](http://molbiol-tools.ca/Convert.htm)。 – trashgod

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