我對Java很陌生,想要構建一個可以將GenBank文本文件轉換爲FASTA格式的程序。基本上會有兩個文本框:一個是我將上傳GenBank格式文件的地方,另一個是顯示轉換後的FASTA格式文件的地方。將GenBank格式文件轉換爲FASTA格式
這是一個基因庫格式文件:
LOCUS AB000263 368 bp mRNA linear PRI 05-FEB-1999
DEFINITION Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete
cds.
ACCESSION AB000263
ORIGIN
1 acaagatgcc attgtccccc ggcctcctgc tgctgctgct ctccggggcc acggccaccg
61 ctgccctgcc cctggagggt ggccccaccg gccgagacag cgagcatatg caggaagcgg
121 caggaataag gaaaagcagc ctcctgactt tcctcgcttg gtggtttgag tggacctccc
181 aggccagtgc cgggcccctc ataggagagg aagctcggga ggtggccagg cggcaggaag
241 gcgcaccccc ccagcaatcc gcgcgccggg acagaatgcc ctgcaggaac ttcttctgga
301 agaccttctc ctcctgcaaa taaaacctca cccatgaatg ctcacgcaag tttaattaca
361 gacctgaa
//
及其相應的FASTA格式的文件是:
>AB000263 |acc=AB000263|descr=Homo sapiens mRNA for prepro cortistatin like peptide, complete cds.|len=368
ACAAGATGCCATTGTCCCCCGGCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCCGGGGCCACGGCCACCGCTGCCCTGCC
CCTGGAGGGTGGCCCCACCGGCCGAGACAGCGAGCATATGCAGGAAGCGGCAGGAATAAGGAAAAGCAGC
CTCCTGACTTTCCTCGCTTGGTGGTTTGAGTGGACCTCCCAGGCCAGTGCCGGGCCCCTCATAGGAGAGG
AAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCCGGGACAGAATGCC
CTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCATGAATGCTCACGCAAG
TTTAATTACAGACCTGAA
任何人可以幫我諮詢如何到或代碼修剪基因庫文件並通過單擊按鈕將其顯示在第二個文本框中。
我正在使用Netbeans 6.9。
你嘗試過什麼嗎?例如,谷歌如何在Java中實現gui。 – gigadot
gui的實現是好的,但無法弄清楚如何修剪數據並提取我需要的並按正確順序重新排列的數據 –
谷歌[說](http://www.google.com/search?q=convert+ genbank + to + fasta + java)選擇一個[converter](http://molbiol-tools.ca/Convert.htm)。 – trashgod