glm的起始值不被接受log-link

我想運行一個帶日誌鏈接和偏移量的高斯GLM。會出現以下問題：glm的起始值不被接受log-link

y <- c(1,1,0,0) 
t <- c(5,3,2,4)

沒有問題：

exp(coef(glm(y~1 + offset(log(t)), family=poisson)))

與family=gaussian，起始值需要指定，它在這裏工作：

exp(coef(glm(y~1, family=gaussian(link=log), start=0)))

，但不會在這裏工作：

exp(coef(glm(y~1 + offset(log(t)), family=gaussian(link=log), start=0)))

錯誤的eval（表達式，ENVIR，enclos）：找不到有效的初始值：請註明一些」

有誰看到（在我的編碼希望只）是怎麼回事？

來源

2011-11-21 Andi

「不起作用」比實際的錯誤消息（它是「eval（expr，envir，enclos）中的錯誤：無法找到有效的起始值：請指定一些」我玩過w /一些簡單的'glm y〜1 +偏移量（垃圾））'，一切正常。我認爲你有一個非常小的數據集和一些不太可能的偏移量，所以glm根本找不到合適的。 –

我的「非常小的數據集」就是人們所說的最小的例子，讓你 – Andi

這不是因爲你想記錄0嗎？ – James

我看起來像start在offset存在時未被識別。您正在嘗試取y值爲-Inf的0的對數。 glm明顯無法處理此問題時尋找一個解決方案，而不是給予start一些幫助。在你的y值的小擾動將允許一個解決方案。

exp(coef(glm(I(y+.Machine$double.eps)~1 + offset(log(t)), family=gaussian(link=log)))) 
(Intercept) 
    0.1481481

來源

2011-11-21 15:48:23 James

一種有效的解決方法。 –

不錯，謝謝！ – Andi

這裏有一些考古學解釋這是怎麼回事，內glm功能深的結果：

調試（含debug("glm")），並通過功能步進表明，它未能在下面的調用：

if (length(offset) && attr(mt, "intercept") > 0L) { 
    fit$null.deviance <- eval(call(if (is.function(method)) "method" else method, 
    x = X[, "(Intercept)", drop = FALSE], y = Y, weights = weights, 
    offset = offset, family = family, control = control, 
    intercept = TRUE))$deviance 
}

這是試圖計算模型的無效偏差。只有在有截距項和偏移項時纔會評估（我不確定爲什麼;可能是由於以前調用glm而計算的默認無效偏差在這種情況下是錯誤的，因此必須重新計算？）。它調用glm.fit（默認值爲method），但沒有起始值，因爲這些通常對於僅用於截取模型是不必要的。

現在裏面glm.fit調試，看看會發生什麼：我們得到

if (is.null(etastart) && is.null(start) && is.null(mustart) && 
    ((family$link == "inverse" && any(y == 0)) || (family$link == 
     "log" && any(y <= 0)))) 
    stop("cannot find valid starting values: please specify some")

，我們看到，由於初始值不通過，因爲日誌的鏈接被使用，因爲有些y值相等歸零，則配合失敗。因此，如果（且僅當？）指定了偏移量和截距，使用了日誌鏈接，並且響應中的值爲零，則應該發生這種情況。

如果你dump("glm",file="glmtemp.R");添加行

start = start[1], etastart = etastart[1], mustart = mustart[1],

到適合無效偏差的呼叫（即上面顯示的那個）;和source("glmtemp.R")，它似乎工作正常...我認爲這應該是一個合理的通用解決方案。如果有人想在R開發名單上提出這個問題，請隨意。

來源

2011-11-22 02:08:05

隨着您的除了呼叫技術問題解決。謝謝！你能否給我一個提示，爲什麼估計的參數與泊松 - 格拉姆不同？（相同的偏移量，相同的日誌鏈接）沒有偏移量，兩個估計值都是相同的。 – Andi

我沒有時間去挖掘這個，但你爲什麼期望它們是相同的？我認爲這是一個特殊情況，非偏移模型是相同的...我只是逐步完成模型的定義（即在鏈接規模上查找最小期望方差加權平方和，有或沒有偏移量） –

glm的起始值不被接受log-link

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