數學在AWK列

Question

我試圖執行以下awk命令

awk '{ if($3-$2 >= 1000) print $1"\t"$3-1000"\t"$3"\t"$4"\t"$5 ; else if($3-$2 < 1000) print $1"\t"$3-($3-$2/2)"\t"$3"\t"$4"\t"$5 }'file 

其中如果塔3和2之間的減法是> 1000然後按照一定的條件，否則遵循另一狀態，其中第2欄是第3欄（第3欄 - 第2/2欄）爲整數。該文件如下所示：

chrX 99885864 99887481 I7 - 
    chrX 99887566 99888401 I6 - 
    chrX 99888537 99888927 I5 - 
    chrX 99889027 99890174 I4 - 
    chrX 99890250 99890554 I3 - 
    chrX 99890744 99891187 I2 - 
    chrX 99892102 99894941 I1 - 
chr20 49552800 49557401 I8 - 
chr20 49557493 49557641 I7 - 
chr20 49557747 49558567 I6 - 

Answer 1

您需要明確地覆蓋awk默認值或格式。

$ awk -v OFS='\t' '{$2=sprintf("%d",$3-(($3-$2>=1000)?1000:$2/2))}1' file 

chrX 99886481  99887481  I7  - 
chrX 49944618  99888401  I6  - 
chrX 49944658  99888927  I5  - 
chrX 99889174  99890174  I4  - 
chrX 49945429  99890554  I3  - 
chrX 49945815  99891187  I2  - 
chrX 99893941  99894941  I1  - 
chr20 49556401  49557401  I8  - 
chr20 24778894  49557641  I7  - 
chr20 24779693  49558567  I6  - 

ps。我認爲你的公式不正確的其他條件，否則在我的腳本中進行更改。