編寫Python或TCL VMD腳本

有誰知道編寫Python 或TCL腳本的完整教程嗎？我想寫一個腳本來加載一個分子，做3個表示，並且改變它們每一個的屬性（如着色方法，繪圖方法，等值等）並最終渲染圖像。編寫Python或TCL VMD腳本

我經歷了這個教程，但它教導的一個腳本是用加載一個分子並選擇原子。 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-html/node4.html

有沒有什麼資源可以學習編寫腳本來完成更高級的vmd操作？

2015-03-08 Gihan

*「的問題，要求我們建議還是找一本書，工具，軟件庫，** **教程或其他異地資源是題外話了堆棧溢出，因爲他們傾向於吸引輿論的答案和垃圾郵件，而是描述問題以及到目前爲止解決問題所做的工作。「* – jonrsharpe 2015-03-08 22:17:56

到目前爲止我所能做的只是加載和選擇分子中的所有原子，如 mol new 000.0000-0001.xsf set gold [atomselect top「all」] – Gihan 2015-03-08 22:25:44

請參閱http：// stackoverflow。 COM /幫助/如何對問 – jonrsharpe 2015-03-08 22:26:36

對於Tcl的一般學習，有Tcl Tutorial。對於Python的一般學習，有The Python Tutorial（Python 2 version）。你需要選擇你在那裏使用的路線。然後，您將獲得足夠的信息來查看VMD documentation，並按照自己的方式進行操作，前提是您對如何解決問題有點想象力。你可以在這裏問問你是否遇到了特定的問題;堆棧溢出是關於幫助具體問題，而不是一般的「我從哪裏開始這個項目？！」的問題。

來源

2015-03-09 09:22:46

一種可能性是，您首先創建您的表示，更改屬性等。然後，當您完成後，將狀態保存到文件中（文件 - >保存可視化狀態...）。以這種方式創建的文件是可以使用普通文本編輯器編輯的腳本。例如，您可以搜索並替換您加載的分子文件的名稱，將相同的表示法應用於其他分子。您也可以在腳本文件的最後添加的繪製命令，例如：

render tachyon rendered_image.tga

編輯該文件後，您可以直接在VMD通過文件 - >加載可視化州加載... 另外，您可以加載它啓動時VMD：

vmd -e your_edited_visualization_state_file.vmd

來源

2016-06-30 15:05:25 Giannis

編寫Python或TCL VMD腳本

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