在Networkx（Python）中繪製節點值？

我叫導入一個network_nodes csv文件，它看起來像在Networkx（Python）中繪製節點值？

['151753', '111598', '0.211413517594337', '-0.130335792899132'] 
['151753', '118516', '0.211413517594337', '-0.100253812968731']

其中前兩個列表示nodes和2個最後一列是與這些節點關聯values。

例如，這裏稱爲'151753'的節點連接到名爲'111598'和'118516'的節點。並且節點'151753'與'0.211413517594337'的value相關聯，而'111598'與-0.130335792899132'的value相關聯。

我想在Networkx中繪製該網絡，根據節點值使用不同的顏色（或節點大小）（例如，紅色/大值時非常高，藍色/小值時非常低）。

我不知道該怎麼做。我知道我應該使用類似

G=nx.read_adjlist('network_nodes.csv', delimiter=',') 
nx.draw(G)

但read_adjlist功能不允許我導入節點值...

來源

2014-04-01 ℕʘʘḆḽḘ

ARIC是正確的，你需要編寫一些自定義代碼，但由於你有一個邊的列表，而不是一個節點列表，下面的代碼將是我工作得更好。

import csv 
import networkx as nx 

G = nx.DiGraph() 
with open('network_nodes.csv') as f: 
    node_list = csv.reader(f) 
    for row in node_list: 
     G.add_edge(row[0],row[1]) 
     G.node[row[0]]['value'] = float(row[2]) 
     G.node[row[1]]['value'] = float(row[3]) 

G.nodes(data=True) #print out

打印如下：

[('151753', {'value': 0.211413517594337}), 
('118516', {'value': -0.100253812968731}), 
('111598', {'value': -0.130335792899132})]

來源

2014-04-01 16:52:31 bgschiller

太棒了！感謝您定製一些代碼！ –

當我嘗試你的代碼我得到一個錯誤 '2個節點= G.nodes（）' '3顏色= [G.node [n] ['值']爲節點]' '---- > 4 size = [float（G。節點[N] [ '值']）* 100在節點N]' 'ValueError異常：無法將字符串轉換爲float：' 使用 '節點= G.nodes（）'' 後顏色= [ G.node [n] ['value'] for n in nodes]' 'size = [float（G.node [n] ['value']）* 100 for n in nodes]您是否知道' as如上所述。你有什麼建議嗎？謝謝！！ –

也許我應該修改你的代碼，以便將值存儲爲浮點數？你知道怎麼做嗎？我基本上試圖繪製節點的大小與值成比例的網絡，如果值爲正值，則節點顏色爲綠色，如果值爲負值，則節點顏色爲綠色。如果您有時間來幫助我，請提前致謝！ –

你需要寫一些東西定製閱讀您的文件。這裏有一種方法：

node,weight,color 
1,7.0,r 
2,42,g 
3,1,b

import csv 
import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt 


G = nx.Graph() 
with open('nodelist.txt') as f: 
    reader = csv.DictReader(f) 
    for row in reader: 
     node = int(row.pop('node')) 
     G.add_node(node, **row) 

print G.nodes(data=True) 
# [(1, {'color': 'r', 'weight': '7.0'}), (2, {'color': 'g', 'weight': '42'}), (3, {'color': 'b', 'weight': '1'})]

並借鑑

nodes = G.nodes() 
color = [G.node[n]['color'] for n in nodes] 
size = [float(G.node[n]['weight'])*100 for n in nodes] 
nx.draw(G, nodes=nodes,node_color=color, node_size=size) 
plt.show()

enter image description here

來源

2014-04-01 16:47:22 Aric

非常感謝你！ –

你報的線不是CSV文件格式。假設你喜歡有整型和浮點而不是字符串，這將是正確的CSV格式的數據：

151753,111598,0.211413517594337,-0.130335792899132 
151753,118516,0.211413517594337,-0.100253812968731

要麼你可以加載您的數據列表，而不是使用csvreader，或者您可以將您的文件轉換與下面的sed命令

sed -i.bak "s/\[\(.*\)\]$/\1/" network_nodes 
sed -i.bak "s/'\([0-9\.-]*\)'/\1/g" network_nodes

.bak文件是你可以用它來回滾sed命令臨時備份文件。完成後刪除它們。在完成此操作後，使用csv加載器加載圖形數據應該會成功。

來源

2014-04-01 16:59:34

謝謝你的建議！ –

在Networkx（Python）中繪製節點值？

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