最近我嘗試編譯和一臺機器上運行我的MPI代碼的MPI Fortran代碼錯誤(Ubuntu的12.04 - 64位酷睿i7 2670 QM)我用下面的配置安裝MPICH2 1.2版:一臺PC
./configure --prefix=/opt/mpich2 --enable-f77 --enable-fc --enable-cxx --with-device=ch3:sock --with-pm=mpd CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort 2>&1 | tee configure.log
安裝沒問題,我的mpd工作得很好,我用mpd測試了一些例子,都很完美。
我使用mpif77編譯我的代碼,因爲我不知道爲什麼當我編譯mpich2 mpif90時沒有創建。但即使使用mpif77,我也可以編譯出沒有錯誤的代碼。
我使用的編譯代碼的標誌是:
對於編譯器:
LN_FLAGS= -lm -larpack -lsparskit -lfftw3 -lrt -llapack -lblas
對於MPI鏈接:
LN_FLAGS_MPI= $(LN_FLAGS) -I$(MPIHOME)/include -L$(MPIHOME) $(MPIHOME)/lib/libmpich.a -lfmpich -lopa -lmpe
所以,問題是當我嘗試運行我的機器上的代碼:
首先我調用mpd爲:
mpd &
,然後運行該代碼:
mpirun -np 4 ./code_mpi
我嘗試了很多的變化爲:
mpiexec -np 4 ./code_mpi
mpirun -n 2 ./code_mpi
mpiexec -n 2 ./code_mpi
而且所有結果在相同的錯誤:
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
[cli_2]: aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
[cli_1]: aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
rank 2 in job 1 ubuntu_38132 caused collective abort of all ranks
exit status of rank 2: killed by signal 9
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
[cli_3]: aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
[cli_0]: aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
rank 1 in job 1 ubuntu_38132 caused collective abort of all ranks
exit status of rank 1: return code 1
我花了將近2周的時間來解決這個問題,因爲我真的需要運行這個代碼我的個人電腦在家工作。我感謝所有可以幫助我的人!
這裏是我初始化MPI庫
subroutine init()
integer :: provided
call mpi_init(mpi_err)
call mpi_comm_rank(mpi_comm_world,rank,mpi_err)
call mpi_comm_size(mpi_comm_world,an_proc,mpi_err)
call MPI_BARRIER(MPI_COMM_WORLD,mpi_err)
end subroutine init
您不應該首先啓動mpd;你能編譯/運行一個簡單的MPI「Hello world」,例如http://www.slac.stanford.edu/comp/unix/farm/mpi.html? –
向我們展示這部分初始化MPI庫的代碼,例如包含調用'MPI_INIT'和'MPI_COMM_RANK'的部分。 –