獲取hextop自組織映射神經元連接

Question

如何獲得包含SOM中神經元連接的n乘2矢量？例如，如果我有一個簡單的2×2 hextop SOM，連接載體應是這樣的：

[ 1 2 1 3 1 4 ]

該向量指示所述神經元1被連接到神經元2，神經元1被連接到神經元3等。

如何從任何給定的SOM中檢索此連接向量？

Answer 1

假設SOM定義爲鄰域距離爲1（即，對於每個神經元，邊緣爲歐幾里德距離爲1的所有神經元），默認選項爲Matlabs hextop(...)命令，您可以創建連接向量如下：

pos = hextop(2,2); 

% Find neurons within a Euclidean distance of 1, for each neuron. 

% option A: count edges only once 
distMat = triu(dist(pos)); 
[I, J] = find(distMat > 0 & distMat <= 1); 
connectionsVectorA = [I J] 

% option B: count edges in both directions 
distMat = dist(pos); 
[I, J] = find(distMat > 0 & distMat <= 1); 
connectionsVectorB = sortrows([I J]) 

% verify graphically 
plotsom(pos) 

從上面的輸出如下：

connectionsVectorA = 

    1  2 
    1  3 
    2  3 
    2  4 
    3  4 


connectionsVectorB = 

    1  2 
    1  3 
    2  1 
    2  3 
    2  4 
    3  1 
    3  2 
    3  4 
    4  2 
    4  3 

如果你有一個非默認附近距離（!= 1）一個SOM，說nDist，只需更換以上

... find(distMat > 0 & distMat <= nDist);