使用pheatmap時裁剪的列標籤

我正在使用pheatmap（Documentation）繪製熱圖。我在一個相當簡單的方法繪製一個矩陣：使用pheatmap時裁剪的列標籤

pheatmap(mat, annotation_col=df, labels_col=rld$Infection_Line, fontsize_row=5, fontsize_col=7)

我圖的底部被截斷，使我無法看到列名在底部。它看起來像這樣：

請注意，這不是heatmap.2。

我試過this question和this question的解決方案，以及我已經能夠通過谷歌和在這個功能的文檔中找到的其他東西。

我試圖增加使用par（）和oma（）以及cexRow的邊距。

margins=(x,y); par(mar=c(1,2,3,4)); par(oma=c(1,2,3,4))

對情節沒有影響。

我需要這樣做才能看到這些長列名，而不會減少我的繪圖大小。我只是想將底部的邊緣向下延伸。

來源

2017-06-22 Adam Price

***重複的例子。***我們應該能夠重現你的錯誤/問題來幫助你。閱讀我在其他問題中提供的鏈接。 – Masoud

爲什麼在使用pheatmap時鏈接到關於heatmap.2的文章？尤其是當你在帖子中提到這一點時。 – emilliman5

@ emilliman5因爲他以前的問題被標記爲重複。附： ** ** downvoters **，不要downvote沒有任何評論。 – Masoud

我想通了，希望如果任何人在將來有這個問題，它會有所幫助。

當您使用pheatmap的labels_col =參數時會發生這種情況。在我的場景中，這是一個使用DESeq2的RNA-seq項目，有一個識別樣品（色譜柱）的目標文件，但是對於我的色譜柱標籤，我使用了不同的色譜柱，因此標籤更易於理解，所以我使用了

labels_col=myThing$ThisOtherColumn

另一列，雖然實際上包含字符和數字的字符串出於某種原因被讀爲整數向量。所以解決辦法是做

as.character(myThing$ThisOtherColumn)

只要你給labels_col一個字符矢量它會自動調整列。

來源

2017-06-22 14:08:39

pheatmap使用網格圖形，所以像par()這樣的基礎圖形功能不會產生效果。我發現手動調整參數cellheight和cellwidth可以幫助調整頁面上熱圖的整體大小。或者以某種方式調整邊距。

library(pheatmap) 
dfr <- as.data.frame(t(data.frame(x=runif(10),y=runif(10),z=runif(10)))) 
md <- data.frame(cat1=sample(x=letters[1:4],10,replace=T),cat2=sample(x=letters[6:7],10,replace=T)) 
rownames(md) <- colnames(dfr) 
pheatmap(dist(as.data.frame(t(dfr))),annotation_col=md,annotation_row=md)

pheatmap(dist(as.data.frame(t(dfr))),annotation_col=md,annotation_row=md, 
     cellheight=15,cellwidth=15)

來源

2017-08-09 11:27:40 rmf

使用pheatmap時裁剪的列標籤

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