從ggplot2素食包中繪製ordiellipse

我想使用ggplot2爲我正在處理的一些數據製作一個NMDS協調圖。有一個很好的例子，說明如何從以前的堆棧溢出線程中找到這個：Plotting ordiellipse function from vegan package onto NMDS plot created in ggplot2 從ggplot2素食包中繪製ordiellipse

我試圖從這個前面的線程中複製這個函數並用於我的數據。但是，我將函數傳遞給R後遇到以下錯誤消息：

數組（x，c（length（x），1L）中的錯誤，if（！is.null（names（x）））列表（名稱（x），： 'data'必須是向量類型，爲'NULL'

我可以獲得爲素食單包提供的沙丘數據集工作的功能，但遇到了阻礙。我自己的數據集的任何人有任何想法或意見我提供下面我的數據集的鏈接，並粘貼下面還有我的代碼

的數據可以看出：？ https://docs.google.com/spreadsheets/d/1O2YCapLaCMlCco3-0mZ07_KoJPTfWdjWYudLvMd183Y/edit?usp=sharing

代碼：

# rm(list=ls(all=T)) 
setwd('C:') 
library(vegan) 
library(ggplot2) 

PCBprop<-read.csv("PCBprop_stackoverflow.csv", header=T) 
#Subset to just Lake Michigan Observation 
MICH<-PCBprop[with(PCBprop, BASIN=="MICHIGAN"),] 
#MICHIGAN 
michcovariate<-MICH[,c(1,2)]#covariate data 
michcongener<- MICH[,3:60]# PCB congener data 
michpcbnmds <- metaMDS(michcongener, k = 2, distance ='bray', autotransform = TRUE, trymax=500) 
score<-scores(michpcbnmds) 
nmdsscores<-data.frame(cbind(michcovariate,score)) 
plot(michpcbnmds$points, col = nmdsscores$CAT2) #Basic ordination plot from Vegan 
ord<-ordiellipse(michpcbnmds, nmdsscores$CAT2, display = "sites", kind = "se", conf = 0.95, label  = T) #95% ellipses on plot 

#Ordiellipse Graph 
NMDS = data.frame(NMDS1 = nmdsscores$NMDS1, NMDS2=nmdsscores$NMDS2, group=nmdsscores$CAT2)#sets up data frame 
df_ell <- data.frame() 
for(g in levels(NMDS$group)){ 
df_ell <- rbind(df_ell, cbind(as.data.frame(with(NMDS[NMDS$group==g,], 
                vegan:::veganCovEllipse(ord[[g]]$cov,ord[[g]]$center,ord[[g]]$scale))) ,group=g))} 



g1<-ggplot(data = NMDS, aes(NMDS1, NMDS2)) + geom_point(aes(color = group), size=1.5) + 
geom_path(data=df_ell, aes(x=NMDS1, y=NMDS2,colour=group), size=1.5, linetype=2) + 
scale_colour_brewer(palette="Dark2", name="Species_Location")

來源

2014-11-04 outside842

對於發佈抹殺人們的會話的代碼來說，這被認爲是非常粗魯的，所以我編輯了你的代碼來註釋掉該行。 – jlhoward 2014-11-04 21:28:50

謝謝，無意冒犯或打斷任何人的工作流程！ – outside842 2014-11-04 21:30:40

@ outside842因此，學習如何開始一個乾淨的R會話，以便不需要'rm（list = ls（all = T））'垃圾。 – 2014-11-06 22:49:40

喜歡這個？

的問題是，對於ord[[g]] = NULL的基團之一（BND_NO）。這可能是因爲當BASIN==MICHIGAN時，該組只有2行數據，並且不足以產生95％置信度橢圓。

我添加下面一行在你的循環的開頭：

if(is.null(ord[[g]])) next

產生上述情節。

來源

2014-11-04 21:58:17 jlhoward

是的，就是這樣！非常感謝。 – outside842 2014-11-04 22:06:39

你*必須*使用'coord_fixed（）'與協調圖。 – 2014-11-06 22:51:39

從ggplot2素食包中繪製ordiellipse

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