Inproper顯示當作爲R

Question

使用geom_net給定一個數據幀如下：

v1  v2  v3  v4 
Tom  A  Jim  B 
Gary A  Shirly A 
Shirly B  Jack B 
Tom  A  Jack B 
... 

V2和V4表示該基團中的名稱v1和v3的分別屬於。 Tom屬於A組，Jim屬於v4組。 我想繪製一個geom_net的社交網絡，如果它們在同一行中，則可以通過線條鏈接到兩個名稱，例如Tom和Jim。並且邊緣的大小應該與它們在V3中出現的次數成正比，即Jack的邊緣應該是Jim和Shirly的兩倍。

我試圖

ggplot(df, aes(from_id = V1,to_id = V3)) +geom_net() 

，而是一個非常壞的結果給出：

，併產生一個警告：

In f(..., self = self) : 
There are 35 nodes without node information: 
#And the below are all the values in V1 and V3 
Tom, Shirly, .... 
Did you use all=T in merge? 

我不知道如何來顯示結果以適當的沒有x軸或y軸的好看的方式和邊緣之間的關係應該清楚地顯示出來。邊緣的顏色應該代表它們所屬的組。這意味着同一組中的所有名稱應具有相同的顏色。

希望得到你的幫助！提前致謝！

Answer 1

我也一直在努力，直到我找出了geom_net包的正確data.frame結構。基本上你需要的是一個data.frame，它有兩部分：在第一部分中，通過提供一個FROM和一個TO列來描述邊緣（繪製的線條）。可選的，額外的信息可以在例如單獨的列來提供，線寬

ans <- read.table(text =" 
from to linewidth 
Tom Jim 0.1 
Gary Shirly 1 
Shirly Jack 0.5 
Tom Jack 2 
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE) 

p <- ggplot(data = ans, aes(from_id = from, to_id = to)) 
p + geom_net(label = TRUE, vjust=-1) 

但是你會發現，一些節點（頂點）都沒有標註。所以這是data.frame的第2部分很重要的地方。在第2部分中，提供了要標記的節點的名稱。這是因爲geom_net只標記FROM節點而不標記TO節點，因此您至少需要提供未用作FROM點的節點名稱。

ans <- read.table(text =" 
from to linewidth 
Tom Jim 0.1 
Gary Shirly 1 
Shirly Jack 0.5 
Tom Jack 2 
Helen Jack 3 
Jim NA NA 
Jack NA NA 
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE, na.strings = "NA") 

p <- ggplot(data = ans, aes(from_id = from, to_id = to, linewidth = linewidth)) 
p + geom_net(label = TRUE, vjust=-1) 

若干事情在進行以上：1）I加入 「吉姆NA NA傑克NA NA」 爲標籤的未標記的節點，2）還添加na.strings = 「NA」，以確保函數read.table（ ）正確地解釋NA值，並且3）我將線寬參數添加到aes，以便它從data.frame映射到plot。另外，一旦爲所有節點提供了名稱，警告消息「有XX個節點沒有節點信息」就會消失。

希望有幫助 編輯：按要求我添加了結果輸出。由於geom_net（）每次運行時改變佈局，我已經包含了兩個示例圖像

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只是爲了完成整個data.frame建設過程中，我已經包含下面，你有兩個獨立的數據的情況。幀，你需要將它們合併在一起：第一個data.frame用於行（邊），第二個是節點（頂點）。

lines <- read.table(text =" 
from to linewidth 
Tom Ivy 0.1 
Gary Ivy 1 
Shirly Ivy 0.5 
Tom Helen 2 
Helen Ivy 3 
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE, na.strings = "NA") 

nodes <- read.table(text =" 
name 
Tom 
Jim 
Gary 
Shirly 
Jack 
Helen 
Susan 
Joel 
Ivy 
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE,na.strings = "NA") 

df <- merge(lines, nodes, by.x = "from", by.y = "name", all = TRUE) 

p <- ggplot(data = df, aes(from_id = from, to_id = to, linewidth = linewidth)) 
p + geom_net(label = TRUE, vjust=-1) 

Answer 2

geomnet的維護者在這裏。如果可能，請將未來的問題發佈到github.com/sctyner/geomnet/issues。 @hackR有正確的想法，其中文檔中有幾個例子。這個想法是：你有一個邊數據框有一個from_id和一個to_id列（+附加列），並且你還有一個帶有id列的頂點數據框（+附加列）。然後你合併它們：

network_data <- merge(edges, vertices, by.x = "from_id", by.y = "to_id", all = T) 

不要忘記包含all = T參數！

謝謝，山姆。