一起使用bwa mem和umitools

Question

我想使用bwa mem將序列讀取與hg19引用進行比對，但是我的序列都有一個UMI（唯一分子標識符）。我用umitools像這樣：

umitools trim --end 5 input.fastq NNNNNN > output.fastq 

這再正常附加我的UMI序列中output.fastq文件名行，但是如果使用BWA MEM對準的時候，我得到的錯誤：

paired reads have different names: "someTitle:UMI_ATGCTC", "someTitle:UMI_CATTAT" 

有沒有辦法同時使用bwa mem和umitools，所以這不會發生？

Answer 1

所以這並不完全回答這個問題，而是接近。 umitools不能用於配對結束讀取。我做了什麼來解決這個問題是（上的讀取每側6BP）剪掉我的UMI序列，然後使用followign代碼一致：

sed -i~ '2~4s/^.\{6\}//' file 

地址2~4意味着「開始第2行，每組重複4線」。

s表示替換，^匹配行開始，.匹配任何字符，\{6\}指定長度（「量詞」）。替換字符串爲空（//）。

-i~替換原來的文件，留下附加在文件名後面的~備份。